عنوان پایان نامه

حل مساله ی معکوس پیش بینی ساختار دوم RNA با مقدار انرژی محدود


    نام دانشجو
    مجتبی جوان

    اساتید راهنما
    محمد گنج تابش

    رشته ی تحصیلی
    علوم کامپیوتر


    رفتار یا عملکرد مولکول‌های RNA اغلب به ساختار اول و ساختار دوم آن‌ها بستگی دارد. به دلیل این که پیش‌بینی و یا پیدا کردن ساختارهای سه‌بعدی RNA به صورت آزمایشگاهی کار دشواری است، اکثر تحقیقات انجام شده در این زمینه بر روی مسائلی تمرکز دارند که به ساختار دوم آن مرتبط بوده که می‌توان آن را به صورت مجموعه‌ای از موقعیت‌های جفت‌شده در یک دنباله‌ی RNA توصیف کرد. به مساله‌ی پیش‌بینی ساختار دوم یک دنباله‌ی RNA، مسئله‌ی تاخوردن RNA گفته می‌شود. مسئله‌ای که در مقابل مسئله‌ی فوق مطرح می‌گردد، مسئله‌ی معکوس پیش‌بینی ساختار دوم RNA و یا مسئله‌ی طراحی RNA نام دارد که عبارت است از یافتن ساختار اول یک RNA که اگر تا بخورد، ساختار دوم داده شده به دست آید. در این پایان‌نامه، الگوریتمی برای حل مسئله‌ی معکوس پیش‌بینی ساختار دوم RNA ارائه می‌دهیم که با الگوریتم‌های قبلی تفاوت‌های عمده‌ای دارد. از ویژگی‌های بارز این الگوریتم می‌توان به دقت و سرعت بالای آن اشاره کرد. از طرفی می‌توان به راحتی، نسخه‌های دیگری از این الگوریتم را به منظور ساخت دنباله‌هایی بهتر و دنباله‌هایی با انرژی محدود، در ازای صرف زمان بیشتر و بدون کاسته شدن از دقت آن، ارائه داد. کلمات کلیدی: ساختار دوم RNA، طراحی RNA، معکوس تاخوردگی RNA، انرژی آزاد