عنوان پایان‌نامه
حل مساله ی معکوس پیش بینی ساختار دوم RNA با مقدار انرژی محدود
- رشته تحصیلی
- علوم کامپیوتر
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه پردیس علوم شماره ثبت: 5433;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 64609
- تاریخ دفاع
- ۲۰ بهمن ۱۳۹۲
- دانشجو
- مجتبی جوان
- استاد راهنما
- محمد گنج تابش
- چکیده
- رفتار یا عملکرد مولکول‌های RNA اغلب به ساختار اول و ساختار دوم آن‌ها بستگی دارد. به دلیل این که پیش‌بینی و یا پیدا کردن ساختارهای سه‌بعدی RNA به صورت آزمایشگاهی کار دشواری است، اکثر تحقیقات انجام شده در این زمینه بر روی مسائلی تمرکز دارند که به ساختار دوم آن مرتبط بوده که می‌توان آن را به صورت مجموعه‌ای از موقعیت‌های جفت‌شده در یک دنباله‌ی RNA توصیف کرد. به مساله‌ی پیش‌بینی ساختار دوم یک دنباله‌ی RNA، مسئله‌ی تاخوردن RNA گفته می‌شود. مسئله‌ای که در مقابل مسئله‌ی فوق مطرح می‌گردد، مسئله‌ی معکوس پیش‌بینی ساختار دوم RNA و یا مسئله‌ی طراحی RNA نام دارد که عبارت است از یافتن ساختار اول یک RNA که اگر تا بخورد، ساختار دوم داده شده به دست آید. در این پایان‌نامه، الگوریتمی برای حل مسئله‌ی معکوس پیش‌بینی ساختار دوم RNA ارائه می‌دهیم که با الگوریتم‌های قبلی تفاوت‌های عمده‌ای دارد. از ویژگی‌های بارز این الگوریتم می‌توان به دقت و سرعت بالای آن اشاره کرد. از طرفی می‌توان به راحتی، نسخه‌های دیگری از این الگوریتم را به منظور ساخت دنباله‌هایی بهتر و دنباله‌هایی با انرژی محدود، در ازای صرف زمان بیشتر و بدون کاسته شدن از دقت آن، ارائه داد. کلمات کلیدی: ساختار دوم RNA، طراحی RNA، معکوس تاخوردگی RNA، انرژی آزاد
- Abstract
- The behavior or the function of RNA molecules often depends on both their primary and secondary structures. Since the prediction or experi- mental determination of three-dimensional RNA structures remain diffi- cult, much works are focused on the problems associated with secondary structure, which can be described as a set of paired positions of the RNA sequence. The problem of predicting the secondary structure of an RNA is called the RNA Folding problem. Another problem, called RNA Inverse Folding problem or simply RNA Design is considered beside the previous one which is simply finding a primary sequence of an RNA that folds into a desired secondary structure. In this thesis, we present an algorithm for designing RNAs, which is sig- nificantly different from the other existing approaches. The notable fea- tures of our algorithm are its speed and accuracy, with respect to the other approaches. Our algorithm can also be extended to different versions to create better sequences and sequences with bounded energy values, at the cost of taking more time, but still with the same accuracy. Keywords: RNA secondary structure, RNA design, RNA inverse fold- ing, free energy
