عنوان پایان‌نامه
حل مسئله معکوس پیش بینی ساختاردوم RNA
- رشته تحصیلی
- علوم کامپیوتر
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 59557
- تاریخ دفاع
- ۲۹ شهریور ۱۳۹۱
- دانشجو
- نسرین زمانی نژاد
- استاد راهنما
- مرتضی محمدنوری, محمد گنج تابش
- چکیده
- RNA ها شامل مترجم‌ها، پیونددهنده ها، پردازشگر سایر RNA هاو پردازنده‌های کنترلی هستند. رفتار مولکول‌های RNA اغلب هم به دنباله اولیه آن بستگی دارد و هم به ساختار دوم. به دلیل اینکه پیش بینی و یا پیدا کردن ساختارهای سه بعدی RNA کار دشواری است، اکثر تحقیقات انجام شده روی مسائلی تمرکز دارند که به ساختار دوم آن مرتبط شده و می‌توان آن را به صورت مسئله یافتن مجموعه‌ای از موقعیت‌های جفت شده در یک دنباله RNA توصیف کرد. این جفت‌ها در واقع همان جفت‌های Watson-Crick هستند، یعنی پیوند بین بازهای A باU و G با C. به مسئله پیش بینی ساختار دوم یک دنباله RNA تا خوردن RNA می‌گویند. هدف از انجام این پایان نامه بررسی مسئله تا خوردن RNA در حالت معکوس است که عبارت است از پیدا کردن RNA ای که به ساختار دوم مطلوب تا بخورد. این کار در ریبوزیم ها و ریبوسوئیچ ها کاربرد دارد که می‌توانند به صورت دارو در تحقیقات و یا پزشکی مورد استفاده قرار گیرند. برای حل این مسئله ابتدا به بررسی روش‌های مختلف موجود برای پیدا کردن ساختار دوم RNA از روی دنباله ]2 ، 1[ و همچنین روش‌های ارایه شده برای حالت معکوس ]4 ، 3[می‌پردازیم، سپس با استفاده از اصول نظریه کدگذاری ]5[ رشته‌هایی را تولید می‌کنیم که حداکثر فاصله همینگ را با هم داشته باشند، در انتها با استفاده از رشته‌های تولیدشده، الگوریتمی برای یافتن دنباله RNA ای که به ساختار دوم مطلوب ما تا بخورد ارایه می‌دهیم. کلمات کلیدی : تا خوردن RNA ، معکوس ساختار دوم ، دنباله اولیه، نظریه کدگذاری
- Abstract
- RNAs are involved in translation, splicing, processing of other RNAs and regulatory processes. Furthermore, parts of mRNAs can adopt structures that regulate their own translation. The function of RNA molecules often depends on both the primary sequence and the secondary structure. Since prediction or experimental determination of three-dimensional RNA structures remain difficult, much work focuses on problems associated with its secondary structure, which can be described as a set of paired positions of the RNA sequence. These positions are assigned to complementary bases according to Watson and Crick ( A and U, C and G ). The problem of predicting the secondary structure of a RNA is called the RNA folding problem. The aim of this thesis is considering the inverse RNA folding problem,which is the design of RNA sequences that fold into a desired structure. This design is applicable to ribozyms and riboswitches, which may be used as drugs in research and medicine. For solving this problem, at first we examine the various methods available for finding RNAsecondary structure from primary sequence [1,2] and also the methods were proposed to the reverse mode [3,4]. Then by coding theory principals [5], we generate sequences which there are most hamming distance between them. At last, We try to propose an algorithm which uses these generated sequences to find the RNA sequence that fold to the desired secondary structure. Keywords:RNA Folding, Inverse Secondary Structure, Primary Sequence, Coding Theory
