عنوان پایان‌نامه
برسی تنوع ژنتکی برخی از جدایه های عامل پوسیدگی ذغالی Macrphmhna phaseolina(tassi) Goid با استفاده از نشانگرهای مولکولی PCR-RFIP,RAPD
- رشته تحصیلی
- مهندسی‌کشاورزی-بیماری‌شناسی‌گیاهی
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 44206;کتابخانه پردیس ابوریحان شماره ثبت: 320
- تاریخ دفاع
- ۱۲ اسفند ۱۳۸۸
- دانشجو
- اکرم بخشی
- استاد راهنما
- حشمت اله امینیان
- چکیده
- چکیده: پوسیدگی ذغالی با عامل Macrophomina phaseolina یکی از بیماری¬های مهم اقتصادی بوده که سبب کاهش عملکرد در گیاهان زراعی و باغی می¬شود. سیوسه جدایه M. phaseolina ازمیزبان‌های متفاوت مانند سویا ،خربزه، لوبیا، نخود، کاج، کوکبکوهی، کیوی، پنبه و کنجد جمع¬آوری شدند. شدت بیماریزایی روی بذور خربزه در شرایط آزمایشگاه و گلخانه انجام شد. جهت مطالعه میزان رشد جدایه‌ها در دماهای 15، 20، 30، 35 و40 درجه سانتیگراد آزمایش شدند. جهت بررسی تنوع ژنتیکی جدایه‌ها از نشانگرهای مولکولیRAPD و PCR-RFLP استفاده شد. هیچ ارتباطی بین اندازه میکرواسکلروت و بیماریزایی مشاهده نشد. بهترین رشد برای تمامی جدایه‌ها 35 درجه سانتیگراد بود. جدایه‌ها در تمام دماها اختلاف قابل ملاحظهای داشتند (p<0.01 (. بیشترین تفاوت جدایه‌ها در دمای 40 درجه سانتیگراد مشاهده شد. بیماریزایی جدایه¬ها، با منشا جغرافیایی آنها ارتباط داشت. تکثیر نواحیITS با استفاده از ترکیب آغازگر‌های ITS5 ,LR5 و ITS1 , NL4 به ترتیب تنها یک قطعه DNA 1600 و1300جفت بازی را تولید کردند. هضم محصولات PCR، ITS5, LR5 با آنزیمهای Hae III , Ras I ,Mbo I و pae I انجام شد. نتایج با الکتروفورز تفکیک شدند، تمامی جدایه‌ها نقوش یکسانی را نشان دادند. تنوعی در قطعات محدود شده از قطعات DNA تکثیر شده با استفاده ازPCR که شامل نواحی فضا ساز داخلی، قسمت5.8S rDNA و قسمت 28S rDNA بود مشاهده نشد. داده‌های رپید بر اساس 5 آغازگر روی 16 جدایه درصد بالایی از تنوع را نشان داد. دندروگرام UPGMA بدست آمده از داده‌های رپید 9 گروه در سطح 70 درصد شباهت ایجاد کرد. جدایه‌های مناطق یکسان تمایل به گروه‌های نزدیک را داشتند و ارتباط ژنتیکی زیادی را نشان دادند. کلمات کلیدی: Macrophomina phaseolina، پوسیدگی ذغالی، تنوع ژنتیکی، RAPD, PCR-RFLP
- Abstract
- Abstract: Charcoal rot caused by Macrophomina phaseolina is an economically important disease and causes heavy yield loss to crop and horticultural plants. Thirty-three isolates of M. phaseolina were collected from different region and different host species such as melon (Cucumis melo L), soybean(Glycine max¬ L.), bean (Phaseolus vulgaris L), pea(Pisum sativum), pinus (Pinaceae), Black-Eyed Susan(Rudbeckia fulgida), cotton (Gossypium arboreum), kiwifruit (Actiniadia deliciosa) and sesame (Sesamum indicum). Pathogenicity test carried out in seeds of melon under in vitro and greenhouse conditions. These isolates were subjected to growth Rate(GR) testes at 15, 25, 30, 35 and 40 ?C, and to study the genetic diversity of isolates we used RAPD,PCR-RFLP markers. The optimum temperature for growth was 35 ?C for all isolates. Isolates GR varied considerably at all temperature (p<0.01). The maximum variability between isolates occurred at 40 ?C. No relationship between microsclerotia size and pathogenicity was found. Pathogenic specialization of M. phaseolina is related to the geographic origin of the isolates. DNA was extracted based on standard protocols. PCR-RFLP carried out with PCR product. Amplification of the ITS region using ITS5, LR5 and ITS1, NL4 combine primers produced only one DNA fragment 1600, 1200 pb respectively. Digestion of PCR products of ITS5 and LR5 were performed with Hae III, Ras I,Mbo I and pae I. The resulting fragments were separated by electrophoresis and isolates showed same patterns. Variations were not observed among isolates in restriction patterns of DNA fragments amplified by polymerase chain reaction covering the internal transcribed spacer region, 5.8S rRNA and part of 28S rRNA. We also investigated that genetic variability among isolates of M. phaseolina by application RAPD marker. RAPD data based on five random primers tested on sixteen isolates showed a high degree of polymorphism in different isolates. UPGMA dendrogram on RAPD data produced 9 clusters at the level of 70% similarity. Isolates from the same locations showed a tendency to group closer, indicating closer genetic relatedness.
