عنوان پایان‌نامه
جاداسازی و شناسایی یک باکتری هالوتولورانت از آب دریا و بررسی تظاهر پروتئین های آن در سطوح مختلف شوری به روش پروتئومیکس`
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی-اصلاح نباتات
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 46770;کتابخانه پردیس ابوریحان شماره ثبت: 442
- تاریخ دفاع
- ۱۵ آذر ۱۳۸۹
- دانشجو
- الماس قنواتی
- استاد راهنما
- سیداحمد سادات نوری, هوشنگ علیزاده
- چکیده
- بررسی و تشخیص پروتئین¬هایی که در فرآیند مقاومت به شوری در پروکاریوت¬ها دخالت دارند هم از نقطه¬نظر فیزیولوژی میکروبی و هم از دیدگاه انتقال ژنهای مسئول این پروتئین¬ها جهت اصلاح گیاهان زراعی، از اهمیت خاصی برخوردار است. روش پروتئومیکس بر پایه¬ی الکتروفورز ژل دو بعدی، ابزاری قدرتمند جهت آنالیز تغییرات حاصل از بیان محصولات ژنی در شرایط متفاوت رشد است. در این تحقیق پس از نمونه¬برداری باکتری¬ها از آب¬ دریا ، شناسایی باکتری به کمک تعیین توالی rDNA S16 صورت گرفت. پس از انطباق این توالی در بانک اطلاعاتی BLAST NCBI مشخص شد که باکتری مورد نظر Staphylococcus aureus است. این باکتری هالوتولورانت در دو محیط کشت متفاوت از نظر میزان NaCl (M 2/0 و M2) کشت شد و استخراج پروتئین از هر دو تیمار به وسیله RNA-Xplus صورت پذیرفت. پس از سنجش غلظت نمونه¬های پروتئینی به روش برادفورد، الکتروفورز ژل دو¬بعدی انجام شد. نتایج حاصل از آنالیز ژل-های بعد دوم با نرم¬افزار Melanie 6.02 نشان داد که از مجموع 335 لکه پروتئینی 109 لکه در سطح 5% متغیر بوده¬اند. تعداد 24 لکه پروتئینی در مقایسه با الگوی پروتئوم S. aureus بر اساس نقطه ایزوالکتریک و وزن مولکولی منطبق شدند. با مقایسه درصد حجمی مربوط به این پروتئین¬ها در شرایط تنش و شاهد مشخص شد که میزان آن ها دچار تغییرات افزایشی و یا کاهشی شده¬اند. با بررسی¬ نقش این پروتئین¬ها، به نظر می¬رسد در باکتری مذکور SrrA، RsbV، GrpE، Clp protease و Thiol Peroxidase در مکانیسم¬ رویارویی با تنش شوری نقش مهمی ایفا می¬کنند. کلمات کلیدی: Staphylococcus aureus ، تنش شوری، پروتئومیکس، الکتروفورز ژل دو بعدی.
- Abstract
- Investigation and characterization of proteins that involve in salt resistance process in prokaryotes are important as two aspects: microbial physiology and transferring genes are responsible for these proteins in order to molecular plant breeding. Proteomics method based on 2-DGE is powerful tool for analysis of changes resulted of gene expression in different biological conditions. In this research, after sampling stage from Persian Gulf, bacterial identification with 16S rDNA sequencing was performed. After coincidence of this sequence in NCBI BLAST site, identified that this bacterium is Staphylococcus aureus. This halotolerant bacterium was grown in two medium that only differed in NaCl concentration (2M, 0.2M). After 16h growth, protein extraction was performed by RNA-Xplus. After concentration assay of protein samples with Bradford method, 2-D gel electrophoresis (2-DGE) was performed. The results of second dimension gels analysis with Melanie 6.02 indicated that from all of 335 spots, 109 protein spots showed significant response to the treatments. This protein profile with one proteome standard from S.aureus was compare and 24 spots based on pI and MW coincided. Volume percent comparison of these proteins in two salinity levels indicated that up- and down-regulation in these proteins occurred. With consideration of these proteins, was distinguished that SrrA, RsbV, GrpE, Clp protease and Thiol Peroxidase perform important role in salt stress response mechanism. Key words: Staphylococcus aureus, salt stress, proteomics, 2-DGE.
