عنوان پایان‌نامه
بررسی ژنوتیپ سویه های هلیکوپاکتر پیلوری جدا شده از بیماران مبتلا به اختلالات گوارشی با استفاده از پرایمر های اختصاصی خرن های VacA و COGA
- رشته تحصیلی
- زیست شناسی علوم میکروبیولوژی
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه پردیس علوم شماره ثبت: 5085;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 59165
- تاریخ دفاع
- ۱۴ بهمن ۱۳۹۱
- دانشجو
- زهره بلندی
- استاد راهنما
- فریده سیاوشی
- چکیده
- مقدمه: هلیکوباکتر پیلوری حدود نیمی از جمعیت جهان را آلوده کرده و مسئول ایجاد بیماری هایی نظیر گاستریت، زخم معده و سرطان معده می باشد. مقاومت آنتی بیوتیکی عامل تعیین کننده در ریشه کنی H.pylori است. به نظر می رسد ژنوتیپ فاکتورهای بیماری زا، می تواند در مقاومت آنتی بیوتیکی باکتری و در نتیجه میزان ریشه کنی آن تاثیر داشته باشد. در این مطالعه میزان مقاومت آنتی بیوتیکی و ژنوتیپ cag A و آلل های vacA(s,m)، در سویه های H.pylori تعیین گردید و ارتباط میان ژنوتیپ و مقاومت آنتی بیوتیکی و انواع ناراحتی های گوارشی بررسی شد. مواد و روشها: 150 سویه H.pylori از بیوپسی بخش آنتروم بیماران مبتلا به ناراحتی های گوارشی جدا شد. مقاومت این سویه نسبت به رقت های متوالی از مترونیدازول، کلاریترومایسین، آموکسی سیلین، تتراسیکلین، فورازولیدون، سیپروفلوکساسین، اوفلوکساسین، لووفلوکساسین و ریفابوتین با روش انتشار از دیسک بررسی گردید. شناسایی سویه ها توسط تست های بیوشیمیایی و تکثیر ژن 16s rDNA تایید گردید. ژنوتیپ cag A و vac A با روش PCR تعیین شد. نتایج: میزان مقاومت به مترونیدازول و تتراسایکلین بیشتر از سایر آنتی بیوتیک ها بدست آمد (3/71 و 3/45%). در بین 150 سویه به دست آمده، 90% cagA مثبت بودند. همچنین 3/77 سویه ها دارای آلل s1 و 7/22 سویه ها دارای آلل s2 بودند. بررسی بخش میانی ژن vacA مشخص نمود 30% سویه ها دارای m1 و 70% سویه ها دارای m2 بودند. ارتباط معنی داری بین ژنوتیپ vacA s1m2/cagA+ و زخم دوازدهه یافت شد. بحث: میزان مقاومت سویه های H.pylori به آنتی بیوتیک های مترونیدازول و تتراسایکلین در جمعیت مورد بررسی بالا بود. بررسی فاکتورهای ویرولانس، ارتباط معنی داری را بین ژنوتیپ سویه های باکتری با عوارض بالینی مشخص نمود. علاوه بر این میزان مقاومت آنتی بیوتیکی بر اساس ژنوتیپ cag A / vacA متفاوت می باشد.
- Abstract
- Genotyping of Helicobacter pylori isolates from dyspeptic patients using specific primers for cagA and vacA genes Background: Helicobacter pylori infected the stomach of more than 50% of the human population worldwide and are responsible for upper gastrointestinal diseases in humans, including gastritis, peptic ulcers and gastric cancer. Antibiotic resistance is a key determinant of the outcome of eradication therapy for this infection. It appears that virulence factor genotypes of this bacterium affect antibiotic resistance and cure rates of eradication therapy. In this study we evaluated the prevalence of drug resistance, cagA and vacA genotype in H.pylori strains and investigated if there is any relationship between genotype and drug resistance or gastrointestinal disorders. Methods: 150 H.pylori strains were isolated from antral biopsies of dyspeptic patients. Resistance of isolates to serial dilutions of metronidazole, clarithromycin, amoxicillin, tetracycline, furazolidone, ciprofloxacin, ofloxacin, levofloxacin and rifabutin, was determined by disk diffusion method. Bacterial strains were identified by biochemical test and amplification of H.pylori 16s rDNA gene. Genomic DNAs from isolates were subjected to PCR-based genotyping of cagA and vacA genes. Results: The rate of resistance to metronidazole and tetracycline was higher than other antibiotics (71.3 and 45.3%). Among 150 H.pylori isolates, 90% were cagA positive, 77.3% had the vacA signal sequence genotype s1, and 22/7% had subtype s2. vacA mid-region analysis revealed that 30% were vacA m1 and 70% were m2. There was significant association between vacA s1m2 or vacA s1m2 cagA+ genotypes and duodenal ulcer. Discussion: In this study, the resistance rate of H.pylori isolates to metronidazole and tetracycline was high. The analysis of virulence genes revealed a specific association between H. pylori strains and clinical outcome, furthermore, Resistant and susceptible isolates were genotypically diverse with respect to cagA/vacA type.
