عنوان پایان‌نامه
مطالعه ارتباط ژن استیل کد آکربوکسیلاز آلفا(ACACA) باصفات لاشه و تولید شیر در بزهای نژاد مهابادی
- دانشجو
- رضا فرجی
- استاد راهنما
- مصطفی صادقی
- رشته تحصیلی
- علوم دامی -ژنتیک و اصلاح نژاد
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 5258;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 57171
- تاریخ دفاع
- ۱۴ بهمن ۱۳۹۱
- چکیده
- این پژوهش با هدف تشخیص و مطالعه چندشکلی ژن ACACA و ارتباط احتمالی این چندشکلی با صفات رشد و تولید شیر در بزهای نژاد مهابادی انجام شد. برای این منظور از سیاهرگ وداج 150 رأس از بزها و بزغاله های مهابادی موجود در مزرعه آموزشی و پژوهشی گروه علوم دامی دانشگاه تهران با استفاده از ونوجکت های 6 میلی لیتری حاوی ماده ضد انعقادی EDTA خونگیری بعمل آمد. استخراج DNA به روش نمکی بهینه یافته از خون صورت گرفت و کیفیت و کمیت DNA بدست آمده توسط اسپکتوفوتومتری و ژل آگارز 1% بررسی شد. قطعه 897 جفت بازی اینترون 44 ژن ACACA، به کمک واکنش های زنجیره ای پلیمراز تکثیر شد. برای بررسی چندشکلی قطعات تکثیر شده، روش چندشکلی فضایی تک رشته ای DNA (SSCP) مورد استفاده قرار گرفت. در نهایت 9 الگوی متفاوت بدست آمده و مورد توالی یابی و بررسی همردیفی قرار گرفتند که با مقایسه توالی ها با یکدیگر و با توالی ژن ACACA گوسفند در سایت NCBI (NC 019468)، در مجموع هفت جهش در جمعیت بز مهابادی در موقعیت های 181259(تغییر باز T به G)، 181275(تغییر باز G به A)، 181333(تغییر باز G به A)، 181396(تغییر باز T به C)، 181468(تغییر باز C به A)، 181684(تغییر باز T به C)، 181712(تغییر باز C به T) مشاهده شد و فراوانی آللی و ژنوتیپی به شرح زیر محاسبه شد؛ SNP اول: آلل G 934/0 و آلل T 066/0، ژنوتیپ GG 7/86 %و GT 3/13%؛ SNP دوم: آلل G 727/0 و آلل A 273/0، ژنوتیپ GG 53% و GA 39% و AA 8%؛ SNP سوم: آلل G 727/0 و آلل A 273/0، ژنوتیپ GG 53% و GA 39% و AA 8%؛ SNP چهارم: آلل C 977/0 و آلل T 023/0، ژنوتیپ CC 95% و CT 5%؛ SNP پنجم: آلل A 336/0 و آلل C 664/0، ژنوتیپ AA 3/13% و AC 6/40% و CC 1/46%؛ SNP ششم: آلل C 313/0 و آلل T 867/0، ژنوتیپ CC 3/13% و TT 7/86%؛ SNP هفتم: آلل C 934/0 و آلل T 066/0، ژنوتیپ CC 7/86% و CT 3/13%. سپس ارتباط هر SNP را با تغییر صفات رشد ( وزن تولد بره ها، وزن از شیر گیری، افزایش وزن روزانه و وزن نهایی) و تولید شیر (مقدار تولید، درصد چربی و پروتئین و تعداد سلول های بدنی) بوسیله نرم افزار SAS9.1 مورد بررسی قرار دادیم و نتایج حاکی از اثر معنی دار SNP دوم (056/0P=)، سوم (056/0P=) و پنجم (01/0>P) بر تولید شیر و SNP اول (017/0P=)، ششم (017/0P=) و هفتم (01/0>P) بر درصد چربی شیر بود. رابطه معنی داری بین دیگر صفات با سایر جهش ها مشاهده نشد. واژه های کلیدی: ACACA، چندشکلی، PCR-SSCP، صفات رشد و تولید شیر، بز مهابادی
- Abstract
- This research aimed to identify and study polymorphism of intron 44 of ACACA gene and its association with milk product and growth traits in mahabadi goats. For this purpose blood was taken from 150 mahabadi goats and kids jugular vein by venojects containing EDTA. DNA was extracted from blood using salting out method. Quantity and quality of DNA was determined by spectrophotometer and 1% agarose gel. 897 bp fragment of intron 44 gene ACACA, was amplified using polymerase chain reaction. The single strand conformation polymorphism (SSCP), was used to investigate the amplified DNA fragment polymorphism. Finally 9 different patterns were obtained and sequences compared with each other and sheep ACACA gene sequence on NCBI. 7 novel SNPs were identified which were nc-019468: nucleotide 181259(T/G), 181275(A/G), 181333(A/G), 181396(C/T), 181468(A/C), 181648(C/T), 181712(C/T). allelic frequency respectively were computed as 0.066/0.934, 0.273/0.727, 0.273/0.727, 0.977/0.023, 0.336/0.664, 0.313/0.867, 0.934/0.066. Genotypic frequencies although were computed as SNP1: GG=86.7% & GT=13.3%, SNP2: GG=53% & AG=39% & AA=8%, SNP3: GG=53% & AG=39% & AA=8%, SNP4: CC=95% & CT=5%, SNP5: AA=13.3% & AC=40.6% & CC=46.1%, SNP6: CC=13.3% & TT=86.7%, SNP7: CC=86.7% & CT=13.3% respectively. Then we analyzed data by SAS9.1 analysis system to attain the association of these SNPs with milk and growth traits. There were significant association of SNP2 (P=0.056), SNP3(P=0.056) and SNP5(P<0.01) with milk yield. SNPs 1 (P=0.017), 6 (P=0.017) and 7 (P<0.01) also had significant related to milk fat-percentage. No association were obtained of total SNPs with growth traits. Keywords: ACACA, polymorphism, PCR-SSCP, milk and growth traits, Mahabadi goats.
