عنوان پایان‌نامه
پیش بینی توالی اتصال یک عامل رونویسی از خانواده انگشت روی C۲H۲ در پروموتر ژن های هدفش در گیاه برنج تحت تنش خشکی
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی -بیوتکنولوژی کشاورزی
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6907
- تاریخ دفاع
- ۱۹ بهمن ۱۳۹۳
- دانشجو
- فروغ شاه منصوری
- استاد راهنما
- عبدالهادی حسین زاده
- چکیده
- چکیده انگشت‌های روی از فراونترین خانواده‌های پروتئینی متصل شونده به DNA هستند که در ژنوم‌های یوکاریوتی کد گذاری شده‌اند. هر خانواده پروتئینی از انگشت روی دارای ساختار اختصاصی است و به توالی خاصی از DNA نیز متصل می‌شود. هدف از انجام این تحقیق پیش‌بینی نواحی اتصال یک عضو از خانواده انگشت روی (C2H2) بود. برای این منظور، نخست با استفاده از الگوریتم‌های هم‌ردیفی و تشکیل ماتریس جایگاه وزنی، موتیف‌های حفاظت شده در پروموتور ژن‌های هم بیان که تحت تاثیر این عامل رونویسی قرار می‌گیرند شناسایی شدند و سپس معنی داری فراوانی این موتیف ها مورد آزمون قرار گرفت و با استفاده از الگوریتم‌های آموزش دیده که تمایل انگشت‌های روی با توالی DNA را بررسی می‌کنند تخمینی از نواحی اتصال انگشت‌های روی و عامل رونویسی مورد نظر بدست آمد. در نهایت موتیف‌های TACTCCCT و ACCCA به عنوان جایگاه های اتصال عامل رونویسی خانواده انگشت روی C2H2 شناسایی گردید. در نهایت جهت انجام آزمون فعال سازی ترانس، ژن رمز کننده عامل رونویسی مورد نظر همسانه سازی شد. اهمیت پیش بینی این ناحیه اتصال به محققان این فرصت را می‌دهد تا در مقوله‌هایی مانند ویرایش ژنوم از این جایگاه‌های اتصال عامل رونویسی برای هدف‌یابی کمپلکس جراحی کننده استفاده نمایند. واژه‌های کلیدی: انگشت روی C2H2 ، پیش‌بینی جایگاه اتصال، ویرایش ژنوم، ماتریس جایگاه وزنی
