عنوان پایان‌نامه
« شناسایی و بررسی برخی خصوصیات ویروس غالب مولد زردی و موزائیک در گیاه زنبق در ایران »
- دانشجو
- مسعود ناطقی
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - بیماری شناسی گیاهی
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6184
- تاریخ دفاع
- ۲۰ آبان ۱۳۹۲
- چکیده
- گیاهان زنبق (Iris spp.) متعلق به خانواده زنبقیان (Iridaceae)، جزء گیاهان مهم زینتی و دارویی در جهان محسوب شده که علاوه بر تولید گل شاخه بریده، در پزشکی نیز استفاده میشوند. طی فصل های زراعی 1391 و 1392، 490 نمونه برگ زنبق دارای علائم زردی، موزائیک و کوتولگی از مزارع و گلخانه های واقع در استان های تهران، اصفهان، البرز و مرکزی جمع آوری شد. به منظور بررسی وقوع بیماری ویروسی در این گیاهان، نمونه های جمع آوری شده با استفاده از آنتی سرم مونوکلونال اختصاصی جنس پوتی ویروس و آنتی سرم های اختصاصی گونه های مختلف ویروسی مورد ارزیابی قرار گرفتند. بر اساس این آزمون ها، آلودگی زنبق به ویروس (های) متعلق به جنس پوتی ویروس و نیز ویروس موزائیک خیار (Cucumber mosaic virus) محرز شد. پوتی ویروس آلوده کننده نمونه ها با چند آنتی سرم در دسترس گونه های پوتی ویروس در آزمون DAS-ELISA واکنش مثبت نشان نداد و انتقال مکانیکی آن بر روی گیاهان محک نیز موفقیت آمیز نبود. در طی آزمون IC-RT-PCR (با استفاده از جفت آغازگرPot و M4T) قطعه ای به طول 917 جفت باز شامل ناحیه PolyA signal، 3´-UTR و بخشی از چارچوب ژنی پروتئین پوششی تکثیر شد. پس از همسانه سازی و توالی یابی، توالی قطعه تکثیر شده با سایر ترادف های موجود در بانک ژن توسط برنامه Blastn مقایسه شد. مقایسه توالی نوکلئوتیدی و ترجمه آمینواسیدی ناحیه انتهای کربوکسیلی پروتئین پوششی جدایه پوتی ویروس با سایر توالی های مرتبط، حاکی از شباهت 86% و 87% با جدایه چینی ویروس موزائیک شدید زنبق (Iris severe mosaic virus, ISMV-PHz) بود. بر اساس معیارهای تعیین حدود و ثغور گونه در خانواده پوتی ویریده، جدایه مورد بررسی به عنوان جدایه ایرانی ویروس موزائیک شدید زنبق (ISMV-Ir) نامگذاری شد. بعد از مایه زنی مکانیکی و استقرار جدایه خالص زنبق ویروس موزائیک خیار (CMV-Ir) بر روی چند گیاه مختلف محک، آزمون IC-RT-PCR با استفاده از جفت آغازگر اختصاصی مربوط به ناحیه کدکننده پروتئین پوششی انجام و قطعه ای به طول 678 جفت باز تکثیر شد. مقایسه توالی نوکلئوتیدی پروتئین پوششی ویروس موزائیک خیار با سایر جدایه ها، حاکی از شباهت 100% این جدایه (CMV-Ir) با استرین NYویروس بود که در تحلیل تبارزایی در خوشه زیرگروه یک (S-IA) قرار گرفت که با نتایج حاصل از آزمون های بیولوژیکی نیز تطابق داشت. توالی قطعات ژنومی دو گونه ویروسی ذکر شده (ISMV-Ir و CMV-Ir) به ترتیب با رس شماره های KJ878662 و KM262647 در NCBI ثبت شد. این اولین گزارش از وقوع ویروس موزائیک شدید زنبق و ویروس موزائیک خیار از زنبق در ایران است.
- Abstract
- Irises (Iris spp.) belong to Iridaceae family, are important ornamental and pharmaceutical plants in the world, widely produced commercially as cut flowers and medicine. During 2012-2013, a total of 490 symptomatic leaf Iris (Iris spp.) samples showing yellowing, mosaic and stunting were collected from greenhouses and natural sites located in Tehran, Isfahan, Alborz and Markazi provinces of Iran. To assess virus incidence in natural resources of Iris plants, collected symptomatic samples were investigated by using Potyvirus genus specific broad-spectrum monoclonal antibody and other antisera against different virus species, resulted in positive reaction with potyvirus(es) and Cucumber mosaic virus (CMV) antibodies. Potyvirus infected samples did not show positive reaction with available potyvirus species antisera in DAS-ELISA and attemps to mechanically transmission on test plants were not successful. A 917 bp fragment was amplified by immunocapture reverse transcription polymerase chain reaction (IC-RT-PCR) comprising PolyA signal, the 3? untranslated region (3?-UTR), and the partial coat protein (CP) gene using (Pot and M4T) primer pair. Following cloning and sequencing of amplicon, obtained nucleotide sequences were compared with related sequences using Blastn analysis software available at NCBI GenBank. Nucleotide and deduced amino acid sequence of CP C-terminus region of this potyvirus isolate showed highest homology with Chinese Iris severe mosaic virus (ISMV-PHz) as 86 and 87%, repectively. According to the genetic species demarcation criteria in Potyviridae family, this isolate designated as an Iranian isolate of ISMV, ISMV-Ir. After mechanical inoculation of biological purified Iris CMV isolate (CMV-Ir) on different indicator plants, IC-RT-PCR was performed using CMV specific F4/F3 primer pair to amplify a DNA fragment with 678 bp in length, corresponding to CP gene. Nucleotide sequence of CMV-Ir CP ORF, showed 100% identity with CMV-NY and clustered into CMV S-IA in phylogenetic analysis, which was in agreement with biological properties. Obtained nucleotide sequences )ISMV-Ir and CMV-Ir) were deposited in the NCBI GenBank database with the accession numbers KJ878662 and KM262647, respectively. This is the first report of ISMV and CMV occurrence on Iris spp. in Iran.
