عنوان پایان‌نامه
« نوع ژنتیکی جدایههای ویروس موزائیک کاهو در استان های تهران و البرز بر اساس ترادف نوکلئوتیدی ناحیه NIB-CP »
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - بیماری شناسی گیاهی
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 5711;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 61561
- تاریخ دفاع
- ۲۰ شهریور ۱۳۹۲
- دانشجو
- سمیرا نادری
- استاد راهنما
- اکبر دیزجی
- چکیده
- ویروس موزاییک کاهو (Lettuce mosaic virus, LMV)، یکی از مهمترین ویروس های خسارت زای کشت کاهو می باشد. به منظور بررسی تنوع ژنتیکی تعدادی از جدایه های این ویروس در استان های تهران و البرز در فصل زراعی 1391، تعداد 422 نمونه گیاهی دارای علائم شبه ویروسی از مزارع کاهوی ورامین (استان تهران) کمال شهر، اغلان تپه، هشتگرد، محمد شهر، ولدآباد، ساوجبلاغ و نظرآباد (استان البرز) جمع آوری شد. بوته های جمع آوری شده دارای علائم موزاییک، پیسک و کاهش رشد بودند. پس از بررسی نمونه ها به روش آزمون سرولوژیکی الایزا (DAS-ELIS)، آلودگی 60 نمونه به LMV محرز گردید. یک جدایه به عنوان نماینده از مناطق ورامین، کمال شهر، هشتگرد و اغلان تپه به ترتیب، LMV-IrVa، LMV-IrK، LMV-IrH و LMV-IrU انتخاب و در گلخانه بر روی گیاهان محک مایه زنی و به روش انتقال تک لکه از گیاهان محک Chenopodium quinoa و C. amaranticolor روی همین گونه ها مورد خالص سازی بیولوژیکی و تکثیر قرار گرفتند. جهت بررسی فیلوژنتیکی جدایه ها، ناحیه ای به طول 277 جفت باز شامل انتهای کربوکسیلی NIb و انتهای آمینی CP (ناحیه NIb-CP) به روش IC-RT-PCR و با استفاده از جفت آغازگرLMV-NIb و LMV-P4 تکثیر و تعیین توالی گردید. همردیف سازی چندگانه توالی نوکلئوتیدی ناحیه 216 نوکلئوتیدی NIb-CP و توالی ترجمه اسید آمینه ای آن ناحیه از چهار جدایه مورد مطالعه با 74 جدایه از نقاط مختلف جهان با نرم افزار MEGA انتخاب شد. درخت فیلوژنتیکی رسم شده با نرم افزار MEGA5 بر اساس توالی نوکلئوتیدی و توالی ترجمه اسید آمینه ای ناحیه NIb-CP، نشان داد که چهار جدایه ایرانی در کنار دو جدایه از تونس در زیر خوشه Common از خوشه ROW قرار گرفت که این زیر خوشه شامل جدایه های بذر زاد ویروس است که فاقد توانایی غلبه بر ژن مقاومت mo1 می باشند.
- Abstract
- Lettuce mosaic virus (LMV) is one of the important worldwide viruses of the lettuce causing crop loss in Iran. To study the genetic diversity of some viral isolates of this virus in Tehran and Alborz provinces, 422 viral-like symptomatic samples of lettuce plants were collected from Varamin (Tehran Province), Kamal-Shahr, Aghlan-Tapeh, Hashtgerd, Mohammad-Shahr, Valadabad, Savojbolagh, and Nazarabad (Alborz province) in 2012. Collected plants showed symptoms of mosaic, mottle, and reduced growth. Samples were serologically checked by DAS-ELISA and infection of 60 samples with LMV was approved. An isolate from each region of Varamin (LMV-IrVa), Kamals-Shahr (LMV-IrK), Hashtgerd (LMV-IrH), and Ughlan-Tapeh (LMV-IrU) was biologically purified through serial single lesion transfer Chenopodium quinoa or C. amaranticolor and propagated on the same test plants. In order to phylogenetic analysis of the viral isolates are going of genome with 277 bp in length, covering the C-terminal region of NIb and N-terminal region of CP (NIb-CP), was amplified by IC-RT-PCR method using LMV-NIb/P4 primer pair and sent to Bioneer Co., South Korea, for sequencing. Comparison of the nucleotide and denduced amino acid sequence of four Iranian isolates with NIb-CP region of the 74 isolates of LMV from NCBI genebank, from different parts of the world, performed by MEGA5 software. Phylogenetic tree analysis of LMV isolates by this software based on nucleotide and deduced amino acid sequence of NIb-CP region, showed four Iranian isolates with two isolates from Tunisia grouped in the Common sub cluster and ROW cluster. Common sub-cluster of LMV isolates included isolate seed borne ones wich are unable to overcome the mo1 resistance gene.
