عنوان پایان‌نامه
مطالعه چند شکلی ژن PRNP مرتبط با حساسیت ژنتیکی به اسکراپی با استفاده از PCR-RFLP در بزهای مهابادی
- دانشجو
- هانیه مقدم
- استاد راهنما
- حسن مهربانی یگانه
- رشته تحصیلی
- علوم دامی -ژنتیک و اصلاح نژاد
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 5392;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 59055
- تاریخ دفاع
- ۲۵ دی ۱۳۹۱
- چکیده
- این پژوهش با هدف مطالعه چند شکلی ژن کاندید PRNP (پریون پروتئین) و ارتباط این چند شکلی¬ها با بیماری اسکراپی و همچنین صفات رشد و تولید شیر در بز نژاد مهابادی انجام شد. برای این منظور از تعداد 150 رأس از بزها وبزغاله¬های مهابادی موجود در مزرعه آموزشی و پژوهشی گروه علوم دامی دانشگاه تهران با استفاده از ونوجکت¬های 5ml حاوی ماده¬ی ضد انعقاد EDTA از سیاهرگ وداج خونگیری به عمل آمد¬. پس از استخراج DNA با استفاده از روش نمکی¬، تعیین کمیت و کیفیت آن توسط اسپکتروفتومتر و ژل آگارز 1% بررسی شد¬. تکثیر اختصاصی جایگاه¬های 171، 136 و 154 از اگزون سوّم ژن پریون پروتئین در دو قطعه 177 جفت بازی (PCRA) و 281 جفت بازی (PCRB) به کمک واکنش¬های زنجیره¬ای پلیمراز انجام شد¬. برای بررسی چند شکلی این سه جایگاه ابتدا از روش RFLP استفاده شد¬. برای تشخیص چند شکلی در جایگاه های 154 و 136 محصولات PCRB را با آنزیم محدود¬کننده BspHI و برای تشخیص چند شکلی در جایگاه 171 محصولات PCRA را با آنزیم BslI و محصولات PCRB را با آنزیم AccI تیمار کردیم. نتایج حاصل از هضم آنزیمی محصولات PCR توسط آنزیم¬های محدود کننده مذکور وجود جهش در هیج کدام از جایگاه¬ها را نشان نداد و نتیجه گرفته شد تمام افراد مورد مطالعه نسبت به بیماری اسکراپی حسّاس هستند .برای تعیین پلی¬مورفیسم در سایر جایگاه-های این قطعه از تکنیک SSCP استفاده شد که بررسی الگوهای باندی در این آزمون نشان دهنده¬ی چهار الگوی باندی متفاوت با فراوانی 514/0 (الگوی 1)، 206/0 (الگوی 2) ، 2/0 (الگوی 3) و 08/0 (الگوی 4) بود و در مجموع دوازده جهش مشاهده شد که پنج مورد از آن¬ها تا کنون گزارش نشده است که شامل جهش در جایگاه¬های 387 (تبدیل تیمین به آدنین)،528 (تبدیل آدنین به گوانین) ،583 (تبدیل سیتوزین به آدنین) ،378 و 379 (تبدیل گوانین به آدنین) است. همچنین از هفت جهش باقیمانده چهار مورد در بز و گوسفند گزارش شده است، ولی جهشی که در موقعیت نوکلئوتیدی 436 (آدنین به گوانین) رخ داده است فقط در گاو گزارش گردیده است. جهش در موقعیت های نوکلئوتیدی 413 (سیتوزین به تیمین) و 411 (حذف و درج آدنین) در بزهای نژادهای دیگر گزارش شده است. پس از تعیین ژنوتیپ دام¬ها، رکوردهای مربوط به صفات شیر شامل تولید شیر، چربی و پروتئین شیر و تعداد سلول¬های بدنی و رکوردهای مربوط به صفات وزن شامل وزن تولّد، وزن از شیرگیری، خوراک مصرفی و وزن نهایی توسط نرم افزار آماری SAS 9.1 آنالیز شد، تا مشخّص شود آیا ژنوتیپ دام¬ها روی تولید شیر یا گوشت مؤثر است یا نه. نتایج نشان داد که اثر ژنوتیپ حیوانات بر روی صفات مورد بررسی معنی دار نبود. بعبارت دیگر ژنوتیپ هیچگونه تأثیری روی صفات شیر و وزن نداشت.
- Abstract
- This study was done with the aim of PRNP (Prion Protein) candidate gene polymorphism study and relation of these polymorphisms with Srapie and also growth characteristics and milk production in mahabadi goats. 150 heads of mahabadi goats and kids in Department of Animal science the University of Tehran(karaj) used for collect of blood samples from Vedaj vein. After extracting DNA, using salt method, the determination it ?s quality and quantity was studied by spectrophotometer and 1% agarose gel. The amplification of codons 136, 154 and 171 was done from the exon 3 of Prion Protein gene in two pieces 177 base pairs (PCRA) and 281 base pairs (PCRB) by polymerase chain reactions. To study polymorphism of this three codons, at first RFLP was used. To determine the polymorphism in codons 136 and 154, PCRB products were treated by BsPH1 restricting enzyme and to determine the polymorphism in codon 171, PCRA products were treated by Bsl1 enzyme and PCRB products were treated by Acc1 enzyme.The result obtained from enzymatic digestion of PCR products by the mentioned restricting enzymes did not show the existence of mutation in none of codons and concluded that all studied individuals are sensitive to scrapie. SSCP technique was used to determined polymorphism in other places of this region which study of band pattern in this trial indicate four different band patterns with the frequency 0.514 (pattern 1), 0.206 (pattern 2), 0.2 (pattern 3) and 0.08 (pattern 4) and totally 12 mutations were observed with 5 novel SNP so far witch include 387 (T?A), 520 (A?G), 528 (A?G), 583 (A?C), 524 (A?G) nucleotide positions.Also 4 mutations of 7 residual mutations were reported in the other goats and Ovis areis but the mutation which occur in 436 (A?G) nucleotide position only was reported in the Bos Taurus. The mutation in 411 (-?A) and 413(G?T) nucleotde positions was reported in another breed goats.
