عنوان پایان‌نامه
مطالعه چند شکلی ژنهای کاندیدای بتالاکتوگلوبولین(BLG) و فاکتور رشد شبه انسولین (IGF۱)با صفات رشد و تولید شیر در بزهای نژاد مهابادی
- دانشجو
- لیلا قره داغی
- استاد راهنما
- حسین مرادی شهربابک, مصطفی صادقی
- رشته تحصیلی
- علوم دامی -ژنتیک و اصلاح نژاد
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 5204;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 56873
- تاریخ دفاع
- ۱۷ دی ۱۳۹۱
- چکیده
- یکی از جدیدترین روش ها که می تواند باعث بهبود درستی پیش بینی و افزایش پاسخ به انتخاب شود، انتخاب بر اساس نشانگرها است. ژن بتالاکتوگلوبولین و IGF-I از جمله ژن های کاندیدا برای صفات مهم اقتصادی از جمله تولید شیر و رشد هستند که در دهه¬های اخیر بخشی از تحقیقات ژنتیک مولکولی در زمینه اصلاح نژاد دام را به خود اختصاص داده-اند. این پژوهش با هدف مطالعه چند شکلی جایگاه¬های اگزون 7 ژن بتالاکتوگلوبولین و اگزون 4 ژن IGF-I و ارتباط این چندشکلی¬ها با صفات رشد و تولید شیر در بز نژاد مهابادی انجام شد. برای این منظور از تعداد 150 رأس از بزها و بزغاله¬های مهابادی موجود در مزرعه آموزشی و پژوهشی گروه علوم دامی دانشگاه تهران (کرج) با استفاده از ونوجکت¬های 5mL حاوی ماده ضد انعقاد EDTA از سیاهرگ وداج خونگیری به عمل آمد. استخراج DNA با استفاده از روش بهینه یافته نمکی و تعیین کمیت و کیفیت آن توسط اسپکتروفتومتر و ژل آگارز یک درصد انجام شد. واکنش زنجیره ای پلیمراز برای تکثیر قطعه 177 جفت بازی جایگاه اگزون 7 ژن بتالاکتوگلوبولین و قطعه 326 جفت بازی اگزون 4 ژن IGF-I با استفاده از دو جفت پرایمر اختصاصی انجام گرفت. محصولات PCR هر دو جایگاه به روش SSCP تعیین الگو شدند. پس از مشخص شدن الگوهای هر جایگاه، تعدادی نمونه از هر الگو ( از هر دو جهت رفت و برگشت) مورد توالی-یابی قرار گرفتند. در جایگاه ژن بتالاکتوگلوبولین نه جهش در موقعیت های نوکلئوتیدی 93، 99، 124، 126، 134، 147، 156، 176 و 177 شناسایی شد. جهش در موقعیت¬ نوکلئوتیدی 93 به صورت درج وحذف تیمین، SNP در موقعیت¬ نوکلئوتیدی 99 به صورت جایگزینی تیمین با سیتوزین، SNP در موقعیت¬ نوکلئوتیدی 124 به صورت جایگزینی تیمین با گوانین، SNP در موقعیت نوکلئوتیدی 126 به صورت جایگزینی تیمین با سیتوزین، SNP در موقعیت نوکلئوتیدی 134 به صورت جایگزینی گوانین با تیمین، SNP در موقعیت نوکلئوتیدی 147 به صورت جایگزینی تیمین با گوانین، SNP در موقعیت نوکلئوتیدی 156 به صورت جایگزینی تیمین با سیتوزین، SNP در موقعیت نوکلئوتیدی 176 به صورت جایگزینی گوانین با آدنین، SNP در موقعیت نوکلئوتیدی 177 به صورت جایگزینی آدنین با تیمین بود.7 مورد از این جهشها بین الگوهای ژنتیکی یکسان بوده و تمایز بین الگوها در دو جایگاه مشاهده شد یکی درج تیمین در موقعیت نوکلئوتیدی 93 و دیگری جایگزینی آدنین به جای تیمین در موقعیت نوکلئوتیدی 177 بود. این جهشها برای اولین بار در بز در این مطالعه گزارش می¬شوند. فراوانی ترکیب های ژنوتیپی برای این جایگاه به ترتیب برای الگوهای 1، 2 و 3 برابر با 8/67%، 6/9% و 6/22% می¬باشد. در جایگاه ژن IGF-I تنها یک SNP ( جایگزینی گوانین به جای سیتوزین ) در موقعیت نوکلئوتیدی 5759 مشاهده شد که پیش از این نیز در بز گزارش شده بود. فراوانی الگوهای ژنوتیپی 1 و 2 به ترتیبب برابر با 7/65% و 3/34% می¬باشد. آنالیز داده¬ها نشان داد که اثر جایگاه ژن بتالاکتوگلوبولین بر مقدار پروتئین شیر معنی¬دار است p<0.05)) ولی اثر این جایگاه بر صفات تولید شیر و درصد چربی شیر معنی¬دار نبود. همچنین اثر این جایگاه بر صفات رشد بزغاله¬ها از قبیل وزن تولد، وزن از شیرگیری، وزن نهایی و مقدار خوراک مصرفی معنی¬دار نبود. اثر جایگاه ژن IGF-I بر مقدار تولید شیر معنی دار p<0.05)) ولی بر صفات درصد چربی و پروتئین شیر معنی دار نبود. همچنین آنالیز داده های مربوط به صفات رشد بزغاله ها نشان داد که این جایگاه اثر معنی داری بر این صفات ندارد.
- Abstract
- One of the latest methods which can improve the accuracy prediction and response to selection, the selection is based on the markers. ?LG and IGF-I genes are considered as candidates genes for several important economic traits such as milk yield and growth, which have compromised part of Molecular Genetics Researches in the field of Animal Breeding over recent decades. This investigation has been aimed at studying polymorphisms in exon 7 and 4 of ?LG and IGF-1 genes respectively as well as the association between these polymorphisms and growth and milk yield traits in Mahabadi breed goats. With this end in view, blood samples of 150 goats and kids raised in a research- based farm of University of Tehran( located in Karaj) were carried to the laboratory by means of EDTA anti-coagulation matter-contained 5 ml container. DNA samples were extracted through salting out method and then their quality and quantity were tested via spectrophotometer and 1% -concentrated agarse gel. In order to amplify the 177 bp and the 326 bp fragments related to exon 7 of gene ?LG and exon 4 gene IGF-I respectively, by means of 2 pairs of specific primers , polymerase Chain Reaction was performed, followed by identifying of the patterns of the PCR products through SSCP method. Having specified the patterns, some of the samples of any observed pattern ( both revers and forward side) were sequenced. As regards ?LG gene, nine different mutations located in nucleotide positions of 93, 99, 124, 126, 134, 147, 156, 176 and 177 were identified, which in the forms of: T insertion and elimination, T/C substitution, T/G substitution, T/C substitution, G/T substitution, T/G substitution, T/G substitution, T/C substitution, G/A substitution and A/T substitution respectively. 7 mutations out of the aforementioned ones were the same among genetic patterns, while the difference among them was related to 2 cases including: nucleotide positions 93 and 177. It is worth noting that during this investigation these tow mutations have been reported for the first time. Genotypic combination frequencies for 1, 2 and 3 patterns were 67.8, 9.6 and 22.6% respectively. As regards IGF-1 gene, the only observed SNP( in the form of C/G substitution) was in nucleotide position 5759, which had been reported about goat before. The frequencies of genotypic patterns 1 and 2 were 65.7 and 34.3% respectively. Although analysis on the data showed that exon 7 of ?LG gene affected milk protein content significantly ( p<0.05), there were no significant impact on milk yield and milk fat content traits and also the same result came out about kid growth traits including: birth weight, weaning weight, final weight and feed intake. The effect of exon 4 of IGF-I gene on milk yield was statistically significant ( p<0.05) while there were no significant relationship between the polymorphisms and milk fat content, milk protein content , kid`s growth traits. Key words: IGF-I, ?LG, Polymorphism, PCR-SSCP, SNP, Growth and Milk yield traits, Mahabadi goat
