عنوان پایان‌نامه
« مطالعه سازگاری رویشی و تنوع ژنتیکی جدایه های قارچVals sordida با استفاده از نشانگر مولکولی MP-PCR »
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - بیماری شناسی گیاهی
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 4991;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 54309
- تاریخ دفاع
- ۲۰ شهریور ۱۳۹۱
- دانشجو
- سودابه بزرگ منش
- استاد راهنما
- خلیل بردی فتوحی فر
- چکیده
- گونه های جنس Valsa به عنوان عوامل ایجاد کننده بیماری شانکر و سرخشکیدگی طیف وسیعی از درختان و درختچه¬ها در سرتاسر دنیا شناخته می شوند. در این تحقیق، سازگاری رویشی و تنوع ژنتیکی 92 جدایه از گونه Valsa sordida به دست آمده از میزبان های مختلف گیاهی و مناطق مختلف جغرافیایی با استفاده از نشانگر مولکولی MP-PCR مورد مطالعه قرار گرفت. تعداد 49 جدایه قارچی به منظور تعیین گروه¬های سازگار رویشی با استفاده از ایجاد جهش یافتگان nit (nit mutants)، انتخاب گردیدند. جهش یافتگان nit روی محیط کشت حداقل حاوی 6-5/4 % کلرات پتاسیم شناسایی شدند. شناسایی فنوتیپ جهش یافتگان با استفاده از منابع مختلف نیتروژن نشان داد که، کلیه جهش یافتگان از یک نوع فنوتیپ (nit3) می باشند که بیانگر جهش در ژن کد کننده پروتئین تنظیمی اختصاصی مصرف نیترات (nit3) در این جدایه¬ها است. به منظور بررسی سازگاری رویشی جدایه¬های گونه V. sordida، از میان 92 جدایه قارچی، 91 جدایه انتخاب و روی دو نوع محیط کشت سیب زمینی-دکستروز-آگار (PDA) و جودوسر-آگار (OMA) تلاقی داده شدند. بر اساس نتایج، 46 گروه سازگار میسلیومی روی محیط کشت سیب زمینی-دکستروز-آگار و 35 گروه سازگار میسلیومی روی محیط کشت جو دوسر-آگار شناسایی گردیدند. در نتیجه هر دو نوع محیط کشت به عنوان محیط های کشت مناسب برای بررسی سازگاری رویشی این قارچ معرفی می¬گردند. اما به دلیل این که تعداد گروه¬های سازگار میسلیومی شناسایی شده تک عضوی روی محیط کشت جو دوسر-آگار نسبت به محیط کشت سیب زمینی-دکستروز-آگار کمتر بود، این محیط کشت برای بررسی سازگاری میسلیومی مناسب تر به نظر می¬رسد. برای ارزیابی تنوع ژنتیکی 40 جدایه از گونه V. sordida، از نشانگر MP-PCR استفاده گردید. از بین هشت آغازگر ریز ماهواره مورد آزمون، پنج آغازگر شامل؛ (ATC)7، (ACTG)4، (CGA)5، (AAC)8 و (TATG)4 بر اساس تکرارپذیری و تعداد باندهای پلی مورفیک انتخاب شدند. تجزیه و تحلیل خوشه-ای داده های حاصل به روشUPGMA و با استفاده از ضریب تشابه جاکارد انجام گردید. در این بررسی تنوع ژنتیکی زیادی در بین جدایه¬های قارچی مشاهده شد. اما در این تحقیق رابطه معنی داری بین تنوع ژنتیکی به دست آمده با پراکنش جغرافیایی و منشاء میزبانی جدایه¬ها (بجز در برخی موارد) مشاهده نشد. در تلفیق نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی گونه V. sordida با گروه های سازگار میسلیومی، مواردی از همخوانی مشاهده شد. در برخی موارد جدایه¬ها روی هر دو نوع محیط کشت سازگار بودند و به لحاظ ژنتیکی نیز با یکدیگر قرابت نزدیکی داشتند. به طور کلی در این مطالعه ارتباطی بین گروه¬های سازگار میسلیومی شناسایی شده و تنوع ژنتیکی حاصل با پراکنش جغرافیایی و منشاء میزبانی جدایه های قارچی مشاهده نگردید.
- Abstract
- Species of genus Valsa are known as the causal agents of canker and dieback diseases on many trees and shrubs all over the world. In this study, vegetative compatibility and genetic diversity in 92 isolates of Valsa sordida that were obtained from different geographic areas and host plants were investigated using molecular marker, MP-PCR. In order to determination of vegetative compatibility groups using production of nit mutants, the total number of 49 fungal isolates, were selected. Nit mutants were produced on minimal medium amended with 45-60 gr/l potassium chlorates (KCLO3). Recognition of nit mutants using different sources of nitrogen showed that all obtained nit mutants have the same nit phenotype, nit3. Results showed that in the investigated isolates, mutation in nit3 locus, encoding a pathway-specific regulatory protein, has been occured. Total number of 91 out of 92 fungal isolates of V. sordida, were paired on potato dextrose agar (PDA) and oat meal agar (OMA) in order to investigation of their vegetative compatibility. According to the results, 46 and 35 vegetative compatibility groups were obtained on PDA and OMA culture media respectively. As a result, both culture media are introduced as suitable culture media for investigation vegetative compatibility in this species. However OMA detected more appropriate than PDA for investigation of vegetative compatibility in this species because it produced less single-member v-c groups. For evaluation of genetic diversity using MP-PCR molecular marker, 40 isolates of V. sordida were selected. Five microsatellite primers including; (ATC)7, (ACTG)4, (CGA)5, (AAC)8 and (TATG)4) out of eight tested microsatellite primer, were selected according to their reproducibility and the numbers of produced polymorphic bands. Cluster analysis of MP-PCR fingerprinting patterns was conducted by UPGMA and Jaccard?s coefficient. In this study high genetic diversity were observed among the studied fungal isolates. However there was no clear relationship between geographical distribution and host plant origins (except in some cases) of isolates and observed genetic diversity. During the comparison of results of genetic diversity and vegetative compatibility in isolates of V. sordida, some cases of confirmation were observed. In some cases, isolates were vegetatively compatible on both culture media and also were close to each other genetically. In this study, in general, no definite relationships between identified VC groups on both culture media and genetic diversity with geographic distributions and host plant origins of the isolates were observed.
