عنوان پایان‌نامه
بررسی بیان ژن تفریقی بین گاو هلشتاین و یک نژاد پاکستانی با استفاده از توالی RNA-Seq) RNA)
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - علوم دامی - اصلاح نژاد دام
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 7122;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 77219;کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 7122;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 77219
- تاریخ دفاع
- ۲۱ شهریور ۱۳۹۵
- دانشجو
- مینا سلیم پور
- استاد راهنما
- سیدرضا میرائی آشتیانی
- چکیده
- این پژوهش با هدف تعیین پروفایل بیان ژن برای دو نژاد هلشتاین و کلیستانی برای تمام ژن ها و مقایسه ی تفریقی بین آن ها انجام شد. برای این منظور، ترانسکریپتوم (توالی کل mRNA) برای نمونه ای از جمعیت گاو ماده هلشتاین آمریکا و گاو ماده کلیستانی پاکستان از طریق همردیفی و مکان یابی خوانش های RNA-Seq بر روی ژنوم مرجع گاو تشکیل شد. سپس آنالیز بیان افتراقی ژن صورت گرفت. در نهایت 24616 ژن و 26716 ایزوفرم بر روی ترانسکریپتوم این دو جمعیت یافت شد که در این میان 41 ژن شناسایی شدند که بیان متفاوتی و معنی دار را نشان می دادند (0/000015 (p.value <. بیشترین میزان بیان برای ژن میتوکندریایی ENSBTAG00000043545 با مقدار شاخص بیان ژن دیجیتال معادل 135031 در جمعیت کلیستانی بود. ژن ENSBTAG00000014332 با دو ایزوفرم ENSBTAT00000056514 و ENSBTAT00000039039 در موقعیت کروموزوم 5 مشاهده شد. از مجموع 53478 و 145443مورد SNP کشف شده در سراسر ژنوم تعداد 154موردSNP در جمعیت کلیستانی و 24مورد SNP در جمعیت هلشتاین در بین 41 ژن معنی دار موجود در این تحقیق واقع گردیدند که می تواند یکی از علت های تفاوت بیان در دو جمعیت در تحقیق حاضر باشد. آنالیز ماهیت ژن (GO) و مسیرهایی که در آن ها درگیر هستند نشان داد، این ژن ها در 20 مسیر درگیر می باشندکه تعداد زیادی از ژن ها در مسیرهای منجر به پاسخ ایمنی، زنجیره انتقال الکترون قرار گرفتند که قبلا گزارش شده است این مسیرها در سطوح مختلف مقاومت به تنش حرارتی و بیماری در نژادهای تائورین و ایندیسین نقش داشته اند.
- Abstract
- This study aimed to determine the gene expression profile for Holstein and Cholistani breed for all genes and comparing the differential gene expresion between them. Thus, the transcriptomes (mRNA Sequence) for a US Holstein and a Pakistanian Colistani cow populations were assembled by aligning and mapping the RNA-Seq reads on bovine reference genome. Then the differential gene expression analysis was performed. Finally 24 616 genes and 26 716 isoforms on the transcriptome of these two populations were found among 41 genes that were showed significantly different expression. (P.value < 0,000015) Highest expression was for mitochondrial gene ENSBTAG00000043545, in the FPKM 135031 amout of in Cholistani population. Gene ENSBTAG00000014332 contains observed in choromosome 5 . Two isoforms is: ENSBTAT00000056514 and ENSBTAT00000039039. A total of 53 478 and 145443 were SNP discovered in the genome of which 154SNP in Cholistani population and 24 SNP in Holstein population were among 41 genes were significant. This can be one of the causes of differences in gene expression between two populations in present study. Analysis of the gene ontology (GO) and routes indicated that they are involved in, 20 pathways A large number of genes in the pathways leading to immune response, leading to translate the electron transport chain and routes were involved that way at different levels of resistance to thermal stress and disease which had been report for Indicine and Taurine breeds. Key words: Dairy cattle, Differential genes expression, Gene ontology Isoforms, Transcriptome, RNA-Seq
