عنوان پایان‌نامه
مطالعه و شناسایی ساختار هاپلوتیپی گاومیش های نژاد آذربایجانی
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - علوم دامی - اصلاح نژاد دام
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 7078;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 76653;کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 7078;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 76653
- تاریخ دفاع
- ۰۷ شهریور ۱۳۹۵
- دانشجو
- محمدحسین فلاحی
- استاد راهنما
- حسین مرادی شهربابک
- چکیده
- هدف از بررسی حاضر تعیین ساختار بلوک‌های هاپلوتیپی، همخونی، اندازه موثر جمعیت و محاسبه آماره عدم تعادل لینکاژی با استفاده از اطلاعات نشانگرهای SNP پراکنده در سراسر ژنوم حاصل از تراشه‌های متراکم (90K(SNPchip 90k در 243 راس گاومیش‌های نژاد آذربایجانی که در پنج دسته با روش فوق پارامغناطیسی (spc) خوشه‌بندی شده‌اند (K1، K2، K3، K4 وK5) بوده است. بعد از کنترل کیفیت داده‌های حاصل از تعیین ژنوتیپ SNPها 62142 SNPجهت آنالیز ساختار جمعیت و شناسایی ساختار هاپلوتیپ‌ها مورد استفاده قرار گرفت. عدم تعادل لینکاژی، با استفاده از آماره (r2) اندازه‌گیری شد و حداکثر میانگین عدم تعادل لینکاژی در کل جمعیت در فاصله کمتر از 2/5 کیلو جفت باز تا 5 کیلو جفت باز بین 0/25 - 0/29 و حداقل میانگین عدم تعادل لینکاژی (r2) در دامنه فاصله 900-1000 کیلوجفت باز بین 0/012-0/014 بدست آمد. مقدار r2 با افزایش فاصله میان جفت SNPها کاهش زیادی نشان داد. در کل نمونه‌های آنالیز شده 1693 بلوک مشاهده شد که 11 درصد کل SNPها درون بلوک‌های هاپلوتیپی خوشه‌بندی شدند که 4/3±202 مگا جفت باز از کل ژنوم اتوزومی را پوشش داده می‌شود. اندازه موثر جمعیت با استفاده از آماره (r2) محاسبه شد. اندازه موثر جمعیت حدود دو نسل پیش تقریبا 422 تخمین زده شد. ضریب همخونی با استفاده از چهار روش ماتریس روابط خویشاوندی (FGRM)، میزان هموزیگوسیتی (FHOM)، همبستگی گامت‌ها (FUNI) و FiS مشابه و برابر با 0/026 برآورد شد و در روش ROH ضریب همخونی 0/0163 تخمین زده شد.
- Abstract
- The aim of this study was to determine genomewide Haplotype block structure, Inbreeding, effective population size, and calculate linkage disequilibrium (LD) using the information obtained from 243 Azarbaijani breed buffalo (Axiom® Buffalo Genotyping 90K) using a high density SNP panel in. After quality control, 62,142 SNP marker data quality control remained for population structure analysis and identification of haplotype blocks. LD was measured by the square of the correlation coefficient (r2) between allels. The maximum LD measured by r2 varied from 0.25 to 0.29 at a distance of < 2.5 kb, and the minimum average values of r2 varied from 0.012 to 0.014 at distances ranging from 900 to 1000 kb, clearly showing that the average r2 reduced with the increase in SNP pair distances. Overall, 1693 blocks were observed through the genome. Eleven percent of all SNPs were clustered into haplotype blocks, covering 202 ±3.4 Mb of the total autosomal genome size. Using formulae which relate expected LD to effective population size (Ne), and assuming a constant actual population size, Ne was estimated to be 422 in our population. Inbreeding coefficient using four methods: genomic relationship matrix (FGRM), excess of homozygosity (FHOM), correlation of uniting gametes (FUNI) and FIS showed similar amount (0.026) and it was estimated 0.0163 using Run of homozygosity. Keywords: Haplotype blocks, Effective population size, Buffalo, Linkage Disequilibrium, SNP
