عنوان پایان‌نامه
ردیابی ویروس انسانی لنفوسیت t نوع اول(HTLV-I) مبتنی بر نشر فلورسانس نقاط کوانتومی
- رشته تحصیلی
- بیوفیزیک
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک شماره ثبت: 11461ب;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 74038;کتابخانه مرکز تحقیقات بیوشیمی و بیوفیزیک شماره ثبت: 11461ب;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 74038
- تاریخ دفاع
- ۲۰ مهر ۱۳۹۳
- دانشجو
- محمد گل میمی
- استاد راهنما
- هدایت اله قورچیان
- چکیده
- ویروس انسانی لنفوسیت T نوع اول در خانواده رتروویروس¬ها قرار دارد. ژنوم این خانواده ویروسی از جنس RNA تک رشته¬ای با قطبیت مثبت است که هر ویروس دارای دو نسخه از RNA می¬باشد. پس از ورود ویروس به سلول میزبان RNA به DNA تبدیل و با ژنوم میزبان ادغام می¬گردد که به این حالت پروویروس می¬گویند. رتروویروس¬ها به دلیل تولید پروویروس DNA، توانایی بسیاری برای ایجاد حالت نهفتگی در سلول میزبان و گریز از مکانیسم¬های دفاعی میزبان دارند. همچنین این ویژگی، این قدرت را به ویروس می¬دهد که در صورت تقسیم سلول، تکثیر یابد و یا با ورود به سلول¬های زایا به نسل بعدی نیز منتقل گردد. HTLV-I در نیشابور و مشهد به¬صورت بومی وجود دارد و در حال شیوع در بعضی از شهرهای ایران است. بیماری¬هایی که از حضور این ویروس در میزبان حاصل می¬گردد، به دلیل وجود دوره نهفتگی در مبتلایان به این ویروس منجر به عدم پاسخ سرمی در بدن میزبان می¬شود. بنابراین در این پژوهش برای شناسایی از روش هیبریداسیون اسید نوکلئیک هدف (تکثیرشده به¬وسیله PCR) با کاوشگر طراحی شده با استفاده از توالی قسمت ابتدایی و انتهایی DNA تکثیرشده، استفاده گردید. از نقاط¬کوانتومی متصل به کاوشگر گزارشگر به علت پایداری نوری و بازده کوانتومی بالا و طیف جذبی گسترده و نشری باریک به¬عنوان ماده¬ی فلوروفور استفاده گردید. به¬منظور شناسایی ویروس ابتدا کاوشگر پذیرنده (حاوی بیوتین)، توالی هدف و کاوشگر گزارشگر (حاوی نقاط¬کوانتومی) با یکدیگر هیبرید شدند. سپس این ترکیب ساندویچی از طریق اتصال استرپتوآویدین تثبیت شده در کف چاهک¬ها با بیوتین کاوشگر پذیرنده، در چاهک¬ها تثبیت گردید. پس از شستشو، نشر نقاط¬کوانتومی در شرایط بهینه؛ 1 میکرولیتر از کاوشگر پذیرنده با غلظت 1 پیکومولار، نقاط کوانتومی با غلظت 500 نانومولار و نسبت مولی؛ NHS mol 50908:EDC mol 25454:QD mol1 برای فعال¬سازی سطح نقاط¬کوانتومی، اندازه¬گیری شدند. این روش قادر به تشخیص حداقل غلظت 5/19 پیکوگرم بر میکرولیتر از ژنوم HTLV-I است. روش ارائه شده در این پژوهش به¬ دلیل اینکه توالی اسید نوکلئیک اطراف نقاط¬کوانتومی را احاطه نمی¬کند و به¬صورت کلاف به¬دور آن نمی¬پیچد، میزان نشر در قبل و بعد از تثبیت نمودن ترکیب ساندویچی تغییر نمی¬یابد و می¬توان توالی¬های طولانی اسید نوکلئیک را با این روش مورد سنجش قرار داد. با تو
- Abstract
- HTLV-I belongs to the family of retrovirus. The genome of these viruses in viron is made of single strand RNA with positive polarity that each has two replicas of it, however, after entering the host cell transfers to the DNA and joins the host genome, which in this state is called provirus. Because of producing DNA provirus, this virus family is greatly able to make window period and escape from its defense mechanisms. Hybrid probe with target is a proper method with high trustability for detecting this virus. The florophore used in this study are QDs, which is characterized by high photo stability, high quantum yield, broad absorbance peak, and narrow emission peak. The triple complex containing acceptor probe, target, and reporter probe can detect low concentrations of target. Experiment conditions, including experiment procedure and material rate, were optimized and measured in various target concentrations. In this study, the optimized rate of QDs between 488 nM, acceptor probe 1 , 1pM and EDC/NHS; 25454/50908 was selected for drawing the calibration curve. This method can detect the minimum concentration of 19.5 pg/ from virus genome, and because of its simplicity and high sensitivity, is a proper alternative for detecting this virus.
