عنوان پایان‌نامه
مطالعه ژن TCF۱ در منطقه کاندیدا کروموزوم ۵ و ارتباط آن باصفات چربی در گوسفندان نژاد زل و لری بختیاری
- دانشجو
- اصغر بزازپریخانی
- استاد راهنما
- حسین مرادی شهربابک, مصطفی صادقی
- رشته تحصیلی
- علوم دامی -ژنتیک و اصلاح نژاد
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6039;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 64664
- تاریخ دفاع
- ۲۹ شهریور ۱۳۹۳
- چکیده
- هدف از این مطالعه، کاوش ناحیه¬ای از کروموزوم 5 گوسفند به عنوان منطقه¬ی ژنومی کاندیدای صفات مرتبط با چربی و سپس مطالعه چندشکلی ژن قرار گرفته شده در این ناحیه در گوسفندان نژاد لری بختیاری و زل بود. در مرحله اول این منطقه ژنومی با استفاده از سایت¬های بیوانفورماتیکی بررسی شد و توالی نوکلئوتیدی آن بدست آمد. همردیفی کلی این توالی نوکلئوتیدی با ژنوم گونه¬های دیگر نشان داد که این منطقه از کروموزوم 5 گوسفند با منطقه¬ای از کروموزوم 7 گاو شباهت بالای 95% داشت و نتایج حاکی از وجود چهار ژن TCF7، PPP2CA، SKP1 و CDKL3 در منطقه اورتولوگوس کروموزم 7 گاوی بود. ژن TCF7، ژنی موثر در بسیاری از مسیرهای بیوشیمیایی می¬باشد. بنابراین، این ژن برای مطالعه چندشکلی¬های تک نوکلئوتیدی و ارتباط آن با صفات چربی انتخاب شد. در این مطالعه از 113 رأس گوسفند نژاد زل ، 164 رأس گوسفند نژاد لری¬بختیاری ایستگاه ،خون¬گیری و استخراج DNAانجام شد، سپس دو جایگاه از این ژن تکثیر و با روش SSCP بررسی شدند. برای جایگاه اول این ژن تکثیر قطعه 643 جفت بازی (اگزون دو) انجام شد و سه الگوی باندی متفاوت مشاهده گردید. نتایج توالی یابی وجود چهار جهش را در این جایگاه نشان داد. در نژاد زل اثر الگوها و SNP های اگزون دو روی صفات چربی معنی دار نبود و روی صفات رشد از جمله وزن تولد، وزن از شیرگیری و نسبت کلیبر معنی دار بود. در نژاد لری¬بختیاری اثر الگوهای ژنوتیپی وSNPها روی صفات چربی و وزن تولد معنی دار بود. برای جایگاه دوم ژن TCF7تکثیر قطعه 635 جفت بازی (اگزون 6 و7) انجام شد که سه الگوی متفاوت مشخص گردید، نتایج توالی یابی این الگوها وجود چهار جهش در این جایگاه را مشخص کرد. در نژاد زل در این جایگاه اثر الگوها ژنوتیپی و SNP ها روی صفات چربی معنی دار نبودند ولی روی صفات رشد از جمله وزن از شیرگیری و افزایش وزن روزانه معنی دار بودند. همچنین در نژاد لری¬بختیاری اثر الگوها و SNP ها روی صفات چربی (درصد تری گلیسرید و وزن دنبه) و صفات رشد (وزن از شیرگیری و افزایش وزن روزانه) معنی دار بودند.
- Abstract
- The purpose of this study is to explore a genomic region of chromosome 5 in sheep as candidate traits related to fat and then to study on polymorphism of the gene located in this region in Lori-Bakhtiari and Zel sheep breeds. In the first stage, this genomic region studied and determined the nucleotide sequence by using of the bioinformatics site. Global alignment of the nucleotide sequence of the genome of another species, showed that this region of ovine chromosome 5 has a high similarity )up to 95%( to the region of bovine chromosome 7 and results showed that four genes, including TCF7, PPP2CA, SKP1 and CDKL3 are in orthologus region of the bovine chromosome 7. TCF7 gene is important for many biochemical pathways. Therefore, this gene was selected for study of single nucleotide polymorphisms and its association with fat traits. In this study, blood sampling and DNA extraction were performed for 113 and 164 head of Zel and Lori-Bakhtiari sheep breeds, respectively. Then two sites of this gene were studied by PCR amplification and SSCP method. 643 bp fragment (exon 2) of the first site of this gene was amplified, and three different banding patterns were observed. Sequencing results showed four mutations in this position. In Zel breed, effects of patterns and SNPs of exon 2 were not significant on the fat traits. However, they significantly affected on the growth traits such as birth weight, weaning weight and kleiber ratio. In Lori-Bakhtiari breed, effects of patterns and SNPs of exon 2 were significant on the fat and birth weight traits. 635 bp fragment (exon 6 and 7) of the second site of this gene was amplified, and three different banding patterns were observed. Four mutations in this position were observed. In Zel breed, effects of patterns and SNPs of this site were not significant on fat traits while were significant on the growth traits such as weaning weight and daily gain. In Lori-Bakhtiari breed, effects of patterns and SNPs of this site were significant on the fat traits (triglyceride percentage and fat tail weight) and growth traits (weaning weight and daily gain).
