عنوان پایان‌نامه
آزمون انساب با استفاده از نشانگرهای ریزماهواره در گوسفند
- دانشجو
- پریسا حداددیلمی
- استاد راهنما
- مصطفی صادقی
- رشته تحصیلی
- علوم دامی -ژنتیک و اصلاح نژاد
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6084;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 65050
- تاریخ دفاع
- ۲۳ شهریور ۱۳۹۳
- چکیده
- موفقیت در اصلاح دام منوط به ثبت دقیق شجره و رکوردهای فنوتیپی است، در غیر اینصورت استفاده از بهترین روش¬ها برای ارزیابی ژنتیکی و برآورد پارامترها، موفقیتی در¬بر ندارد. در این تحقیق به منظور بررسی و تایید روابط شجره¬ای، تعداد 154 راس دام با استفاده از 5 جایگاه ریزماهواره ای OARCP49، TGLA53، INRA63، MAF214 و BM1258 برگرفته از مقالات منتشر شده و سایت NCBI تعیین ژنوتیپ گردیدند. نژادهای مورد بررسی شامل لری بختیاری و آمیخته¬های آنها با رومانف می¬باشد که شامل 8 پدر، 63 مادر به همراه 83 فرزند جهت آزمون انساب می¬باشد. تمام جایگاه¬های ریزماهواره¬ای دارای چندشکلی مناسبی در جمعیت¬ها بودند. در کل جمعیت همه جایگاه¬های ژنی مورد مطالعه به استثنای جایگاه BM1258 انحراف معنی¬داری از تعادل هاردی- واینبرگ نشان دادند. میانگین تعداد آلل¬های مشاهده شده و تعداد آلل¬های موثر در کل جمعیت¬ به ترتیب برابر با 6 و 88/4 بود. میانگین هتروزیگوسیتی مشاهده شده، هتروزیگوسیتی مورد انتظار، محتوی اطلاعات چندشکلی و شاخص اطلاعات شانون در جمعیت¬ مورد مطالعه به ترتیب برابر با 865/0، 768/0، 73/0 و 603/1 بود که نشان دهنده سطح بالایی از تنوع، چندشکلی در جمعیت و جایگاههای مورد بررسی می-باشد. در آنالیز والدینی با جفت والد مشخص مقادیر قدرت تشخیص (PE) از 4975/0 در جایگاه MAF214 تا 8709/0 در جایگاه TGLA53 متغیر بود. همچنین مقدار قدرت تشخیص ترکیبی (CPE) با جفت والد مشخص به دست آمده از مجموع این نشانگرها در آنالیز انساب 9993/0 برآورد گردید که بر کارایی این مجموعه در آنالیز انساب در این جمعیت اشاره دارد. نتایج این پژوهش در 20 فرزند از 83 فرزند مورد بررسی صحت روابط والدینی (پدر/مادر/فرزند) ثبت شده را نشان داد. در 14 فرزند ثبت اشتباه هر دو والد مشاهده شد، 21 فرزند دارای مادران نادرست بودند و در 9 فرزند پدر به اشتباه ثبت شده بود و 19 فرزند دارای پدر ناشناخته و مادران صحیح می¬باشند. نتایج حاصل از این پژوهش نشان داد که 3 نشانگر TGLA53، OARCP49 و INRA63 دارای قدرت بالا و 2 نشانگر MAF214 و BM1258 دارای قدرت نسبتاً خوبی برای مستثنی سازی والدین اشتباه می¬باشند.
- Abstract
- Pedigree information and phenotypic records are the key features in animal genetics and breeding, Otherwise best methods for genetic evaluation and estimation of parameters will be tending to no correct results. This study was aimed to investigate and verify pedigree relations among 154 individuals who were genotyped for 5 microsatellite markers picked up from published articles and NCBI site. Eight sires, 63 dams and 83 offspring of the pure breed of Lori-Bakhtyari and cross breed of Lori-Bakhtyari and Romanov were analyzed. All microsatellite loci had suitable polymorphisms in the populations. Signi?cant departures from Hardy–Weinberg equilibrium were observed for all loci except BM1258 locus. The mean of observed and effective number of alleles were equal to 6 and 4.88, respectively in all population. The mean of observed and expected heterozygosity, polymorphism information content and Shannon's information index of the Iranian buffalo population were equal to 0.865, 0.768, 0.73 and 1.603, respectively which indicates that the studied sheep population and used markers have still a high degree of genetic diversity and polymorphism level. In parentage testing with parent pair, PE was variable from 0/4975 for MAF214 to 0/8709 for TGLA53. Also, combined probability of exclusion (CPE) values obtained per all loci in parentage analysis was 0.9993 that indicate the high efficiency of studied marker set for parentage test in this population. The results of this study showed correct pedigree in 20 individuals of 83 ones with known parental relations. In 14 offespring, incorrect pedigree in both parents were observed, 21 ones had incorrect dams, 9 offespring had incorrect sires and 19 ones had unknow sires but correct dams. Results Shows that 3 markers of TGLA53, OARCP49, INRA63 had a high power of exclusion and 2 markers of MAF214 and BM1258 had relatively well power of exclusion.
