عنوان پایان‌نامه
مطالعه چند شکلی اگزون ۳ ژن PRP و در ۳ اکوتیپ شتر ایرانی یزدی، بندری، خوزستانی به روش Pcr-sscp و توالی یابی
- دانشجو
- هادی مقبلی
- استاد راهنما
- محمد مرادی شهربابک, حسین مرادی شهربابک
- رشته تحصیلی
- علوم دامی -ژنتیک و اصلاح نژاد
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6140;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 66034
- تاریخ دفاع
- ۳۱ شهریور ۱۳۹۳
- چکیده
- در این مطالعه، جهت بررسی وجود چند شکلی اگزون 2 ژنPRNP و بررسی توالی اسید آمینه¬ای آن، از تعداد120 نفر شترهای مناطق مختلف شهرستان جیرفت(قلعه گنج،–40n=؛رودبار، - 30؛ عنبرآباد - 50) ، 110 نفر شترهای مناطق مختلف استان بندر عباس (سیریک - 30، میناب – 40 ، بندرعباس- 40)، 100 نفر شترهای مناطق مختلف استان خوزستان(هویزه 30 ، دشت ازادگان و اهواز 30 ، شوش 40)، 80 نفر شترهای مناطق مختلف استان یزد(یزد - 40، بافق - 40)،100 شترهای دو کوهانه مناطق مختلف استان اذربایجان غربی(اردبیل و دشت مغان )، و 90 نفر شترهای مناطق مختلف استان خراسان رضوی(سبزوار ، نقاب و بردسکن) خونگیری شد. پس از استخراجDNA ، تعیین ژنوتیپ¬ها با استفاده از روش PCR-SSCP انجام شد. در این جایگاه، پنج الگوی باندی متفاوت مشاهده شد که همگیمورد توالی یابی قرار گرفتندو سپس تغییرات تک نوکلئوتیدی با استفاده از نرم¬افزارBioedit بررسی شدند. نتایج توالی¬یابی نشان دهنده وجود 15 جهش¬ در 7419، 7480، 7493، 7495، 7497، 7450، 7515، 7522، 7533، 7551، 7575، 7613، 7614، 7629 و 7632بود. نتایج آنالیز ژنتیک جمعیت با استفاده از نرم-افزارGenAlex،تعادل هاردی¬واینبرگدر جایگاه اگزون 2ژن PRNP را در هیچ یک از جمعیت¬های مورد مطالعه تأیید نکرد.بر اساس شاخص Nei، جمعیت دوکوهانه بیشترین فاصله ژنتیکی را با سایر نژادها داشت و در بین تک کوهانه¬ها، نژاد رودباریبیشترین فاصله ژنتیکی را بانژاد مشهدینشان داد. آنالیز فیلوژنتیکی با استفاده از نرم افزار Populationنتایج مربوط به آنالیزهای فاصله ژنتیکی با استفاده از نرم افزار GenAlexرا تایید کرد.ترسیم درخت فیلوژنتیکی بین نمونه‌ها وجود فاصله ژنتیکی زیاد بین شترهای تک کوهانه و دو کوهانه را نشان داد.آنالیز همردیفی اگزون 2 ژن PRNPشتر با دیگر گونه¬ها نشان داد که تعداداسید آمینه تولید شده حاصل از ترجمهناحیه کدکننده این ژن در شتر، بز، گوسفند، خوک، انسان، و موش به¬ترتیب262، 259، 256، 257، 253، و 254 بود. در مجموع،همه گونه¬های مورد بررسی در آنالیز همردیفی اگزون 2 ژن PRNP ، در 202 موقعیت آمینواسیدی از 262 موقعیتیکسان ¬بودند.بر اساس مطالعات انجام شده گروه-های مقاوم و حساسبه بیماری اسکراپی بر اساسسه موقعیت اسید آمینه¬ای از محصول پروتئینی ژنPRNPشامل موقعیت¬های 136، 154 و 171 از یکدیگر متمایز می¬شوند.در مطالعه حاضر مشخص شدکه همه افراد در این جایگاه ار ژن PRNPدارای آللARQ و ژنوتیپARQ/ARQبودند، که تفاوت معنی داری در رابطه با مقاومت یا حساسیت به بیماری از خود نشان ندادند.
- Abstract
- Inthisstudy, to analyze thepolymorphismwithin exon 2of the PRNPgene and its aminoacid sequence, blood samples were collected from120camelsfromdifferent regions of theJiroftcity(Ghale ganj, n=40, Roudbar-30, Anbarabad-50), 90 camelsfrom different regions of theBandarAbbasprovince(Ciric -30, Minab-40, Bandar Abbas, 40), 100camelsfrom different regions of theKhuzestanprovince(Hoveyze - 30, Azadegan - 30, Ahvaz - 30, Shush -40), 80 camelsfrom different regions of theYazdprovince(Yazd -40, Bafg-40), 100Bactriancamelsfrom different regions of theWestern Azerbaijanprovince, and90camelsdifferent regions of theKhorasan-e Razaviprovince(Sabzevar - 30, Neghab - 30andBardaskan - 30).After DNA extraction,PCR-SSCP methodwasusedto determinethe genotypesofthislocus. Five differentbanding patternswere observedwhich all of them were sequencedand thensingle nucleotidechangeswere analyzedusing Bioeditsoftware. Sequencing resultsindicated 15mutations including7419, 7480, 7493, 7495, 7497, 7450, 7515, 7522, 7533, 7551, 7575, 7613, 7614, 7629,and7632.The population genetic analysis using GenAlexsoftwaredid not confirm the Hardy¬Weinberg Equeilibrium within exon2of the PRNP gene in any of the studied populations. Based on the Neiindex, thebactrianpopulationhad the highest genetic distance with all other breeds and betweendromedarybreeds, the Roodbari breed had the highest genetic distance with theMashhadi Breed. Phylogenetic analysisusingPopulationsoftwareconfirmedthe results of the genetic distanceanalyses usingGenAlexsoftware. Drawing the phylogenetic treedemonstrated thehigh geneticdistancebetweendromedaryandBactriancamel breeds. The alignmnet analysis for the exon 2 of the camel PRNP gene with other species illustrated that the number of amino acids resulted from translating the coding region of this gene was 259, 256, 257, 253, and 254 in goat, sheep, pig, humans, and mice, respectively. Generally, all species investigated in the alignmnet analysis of the exon 2 of the PRNP gene were similar in 202 nucleotides of 262 nucleotides. Based on the performed studies, theresistant and susceptible groups to scrapie diseaseare distinguished based on the thethree amino acid positions of the protein product of the PRNP gene including positions 136, 154, and 171. In present research, it was demonstrated that all animals inherited the ARQ allele and the ARQ/ARQgenotype in this locus of the PRNP gene which showed no significant difference in terms of resistance or susceptibility to to scrapie disease.
