عنوان پایان‌نامه
بررسی شبکه تنظیمی ژن های درگیر در بافت کبد گاو شیری در تعادل منفی انرژی با داده های RNA-Seq و miRNA
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - علوم دامی - اصلاح نژاد دام
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه پردیس ابوریحان شماره ثبت: 910;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 74322;کتابخانه پردیس ابوریحان شماره ثبت: 910;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 74322
- تاریخ دفاع
- ۲۰ بهمن ۱۳۹۴
- دانشجو
- زهره مزدوری
- استاد راهنما
- محمدرضا بختیاری زاده
- چکیده
- تعادل منفی انرژی (NEB) یک حالت تغییر مراحل متابولیکی در گاوهای با تولید بالا است که در هفته¬های اول پس از زایش و زمانی که تقاضای انرژی برای شیردهی و نگهداری از مقدار انرژی دریافت شده از جیره فزونی می¬یابد، اتفاق می¬افتد. این مشکل تاثیر شدیدی بر بافت کبد داشته و منجر به مشکلات متابولیکی و کمبود باروری می¬شود. علیرغم اهمیت NEB، سازوکارهای تنظیمی مربوط به بیان ژن¬ها در این دوره به خوبی شناسایی نشده است. به منظور درک بهتر سازوکارهای تنظیمی درگیر در NEB، با استفاده از داده¬های RNA-Seq، miRNA-Seq و فاکتورهای رونویسی شناسایی شده، شبکه تنظیمی تلفیقی مرتبط با ژن¬های موثر در تعادل منفی انرژی (NEB) که در گاوهای شیری پرتولید در طی چند هفته اول پس از زایمان رخ می¬دهد بر اساس ترکیب دو روش مبتنی بر بیان و مبتنی بر توالی بررسی شد. بطور کلی 176 خوشه ژنی با استفاده از داده¬های بیان ژن¬ ترسیم گردید. نتایج نشان داد که 64 miRNA و 63 فاکتور رونویسی به عنوان تنظیم¬کننده ژن¬های 65 خوشه از 176 خوشه شناسایی شده می¬باشند. پس از تائید این تنظیم¬گرها در سطح توالی بطور کلی 58 خوشه دارای تنظیم¬گر شناسایی شد. در نهایت در این تحقیق 58 miRNA و 34 فاکتور رونویسی به عنوان کاندیدهای جدید احتمالی در NEB معرفی گردید. واژگان کلیدی: بیان ژن، شبکه تنظیمی تلفیقی، فاکتور رونویسی
- Abstract
- Abstract Negative energy balance (NEB) is an altered metabolic state in high yielding cows that occurs during the first few weeks postpartum when energy demands for lactation and maintenance exceed the energy supply from dietary intake. NEB has profound effects on the liver and lead to metabolic disorders and to reduced fertility. Based on importance of NEB, regulatory network which derive these processes remain incompletely characterized. To gain insights into the transcriptional regulation of NEB, in the present study, the integrated regulatory network of NEB which is observed at the onset of lactation of dairy cow, has been investigated by using RNA-Seq and miRNA-Seq data based on expression and sequence based methods. In total, 176 gene clusters have been predicted by using gene expression data. Also, 64 miRNA and 63 transcription factors were assigned to these gene clusters. Generally, 58 gene clusters contain regulator have been identified after confirming these regulators based on sequence. Finally, in this research 58 miRNAs and 34 transcription factors have been introduced as possible novel candidates in NEB. Keywords: gene expression, Integrative regulatory network, transcription factor
