عنوان پایان‌نامه
مطالعه تاثیر فراوانی آللی جایگاه های ژنی موثر بر صفت کمی (QTL allele frequency) بر صحت و دقت ارزیابی های ژنومیک
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - علوم دامی - اصلاح نژاد دام
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6724;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 72728;کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6724;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 72728
- تاریخ دفاع
- ۲۷ دی ۱۳۹۴
- دانشجو
- پوریا داودی
- استاد راهنما
- اردشیر نجاتی جوارمی
- چکیده
- چکیده: یکی از اهداف مهم در برنامه های اصلاح نژادی به ویژه انتخاب ژنومی، برآورد ارزش اصلاحی با بالاترین صحت می باشد؛ زیرا صحت در برآورد ارزش اصلاحی میزان موفقیت برنامه های اصلاح نژادی را نشان می دهد. در این تحقیق، با استفاده از شبیه سازی تاثیر 3 جزء معماری آللی صفات کمی شامل فراوانی آللی جایگاه های موثر بر صفت کمی (QTL)، توزیع آثار جایگزینی ژنی و تعداد جایگاه های موثر بر صفت کمی بر تغییرات صحت ارزش های اصلاحی ژنومی بررسی شد. برای شبیه سازی تاثیر معماری آللی صفات کمی بر ارزیابی های ژنتیکی صفات کمی، 5 شکل متفاوت از فراوانی آللی جایگاه های موثر بر صفت کمی که به صورت ثابت، یکنواخت، -Uشکل، -Lشکل و فراوانی آلل نادر پایین (lowMAF) نامیده شد، نمونه گیری شدند. همچنین آثار ژنی از 3 توزیع یکنواخت، نرمال و گاما ایجاد شدند و 3 تعداد متفاوت جایگاه ژنی صفت کمی (50 ، 200 و 500 ) درنظر گفته شد. بدین ترتیب صفاتی با معماری ژنتیکی متفاوت به منظور مقایسه صحت ارزش های اصلاحی افراد با استفاده از روش بهترین پیش بینی نااریب خطی ژنومی (GBLUP) ایجاد گردید. با افزایش فاصله بین نسل مرجع و نسل تایید ناشی از بر هم خوردن فاز لینکاژ، صحت ارزش های اصلاحی ژنومی در تمامی سناریو ها کاهش یافت. همچنین تغییر در فراوانی های آللی جایگاه های موثر بر صفت کمی تاثیر معنی داری در تغییر صحت ارزش های اصلاحی داشت. در دو سناریویی که آثار جایگزینی ژنی از توزیع گاما و یکنواخت ایجاد شده بودند در شکل های مختلف فراوانی آللی جایگاه های ژنی، صحت پیش بینی های ژنومی در توزیع فراوانی ثابت بیشترین و در توزیع فراوانی lowMAF کمترین بود اما در حالتی که اثر جایگزینی نرمال بود، صحت سناریوی توزیع فراوانی -Uشکل از توزیع فراوانی -Lشکل بیشتر بود. در سناریویی که توزیع آثار ژنی یکنواخت بود صحت پیش بینی کمتری از دو اثر جایگزینی ژنی گاما و نرمال حاصل شد. همچنین نتایج نشان داد که تعداد QTL بر عملکرد سناریوهای شبیه سازی توزیع آثار و توزیع فراوانی ها تاثیر معنی داری نداشت. کلمات کلیدی: انتخاب ژنومی، جایگاه های موثر بر صفات کمی، فراوانی آللی، صحت، شبیه سازی
- Abstract
- Abstract Genomic selection (GS) is a powerful tool for the estimation of breeding values in plant and animal breeding. For a successful application of GS, accuracy of prediction of estimated breeding value (GEBV) is a key issue to consider. In this study we used simulated data to investigating the accuracy of predicting breeding values using best linear unbiased genomic prediction (GBLUP) for different shape of quantitative trait loci (QTL) allele frequency. Data were simulated with five shape of QTL allele frequency with different average of minor allele frequency (MAF) that named by normal, uniform, U-shaped, L-shaped and lowMAF and three different distributions for the QTL effect which were normal, uniform and gamma (1.66, 0.4). The number of QTLs were assumed to be 50, 200 and 500 per chromosomes. In total, several different scenarios were generated to compare the markers estimated breeding values obtained from these scenarios. To this end, a population of 1000 individuals composed of 500 males and 500 females as well as a genome of 100 cM consisting of three chromosomes and with a mutation rate of 2.5×10?5 per locus was simulated. Result shows in general, highest accuracy of genomic prediction captured by constant QTL allele frequency and lowest accuracy was for lowMAF. Actually accuracy of genomic prediction decreased from constant, uniform, U-shaped, L-shaped and lowMAF QTL allele frequency, respectively. Accuracy of genomic prediction largely reflect on the type of QTL allele frequency that underlie the trait. This simulation study show that QTL allele frequency is a key parameter that determine the accuracy of genomic prediction. Key words: Genomic selection, Quantitative trait loci, Allelic frequency, Accuracy, Simulation
