عنوان پایان‌نامه
دینامیک پروتئین در داخل نانو لوله های کربنی تک دیواره
- رشته تحصیلی
- نانوفیزیک
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 47090;کتابخانه پردیس علوم شماره ثبت: 4520
- تاریخ دفاع
- ۱۸ دی ۱۳۸۹
- دانشجو
- فرخ یوسفی اکیزی
- استاد راهنما
- سید مهدی واعظ علائی
- چکیده
- ذخیره شدن پروتئین¬ها در داخل نانولوله¬های کربنی می¬تواند در علوم نانو و علوم زیستی به ویژه در انتقال دارو به سلولها نقش مهمی ایفا کند. در این پایان¬نامه، دینامیک پنج پروتئین ضد میکروب در حضور یک نانولوله¬ی کربنی و آب، به روش دینامیک مولکولی مورد بررسی قرار گرفته است. با توجه به اندازه و قطر نانولوله¬های کربنی، مشاهده شد که این پرتئین ها می¬توانند در نانولوله¬های کربنی ذخیره گردند. در مواردی که ذخیره سازی با موفقیت انجام شد، به بررسی انرژی بر هم کنشی واندروالسی و فاصله¬ی بین مرکز جرم پروتئین و نانولوله، شعاع ژیراسیون پروتئین و علت ذخیره شدن پروتئین در نانولوله پرداخته شد. با بررسی و محاسبه¬ی انرژی آزاد سیستم، نشان داده شد که ذخیره¬ی این پروتئین¬ها در نانولوله¬های کربنی با کاهش انرژی آزاد همراه بوده و فرآیندی مطلوب است. کلید¬واژه : ذخیره سازی، پروتئین، نانولوله کربنی، شبیه سازی دینامیک مولکولی، انرژی واندروالسی، شعاع ژیراسیون، انرژی آزاد
- Abstract
- Carbon nanotubes (CNTs) have been used in biological and biomedical devices, and recently for spontaneous encapsulation of drugs. Using molecular dynamics simulations we studied the spontaneous encapsulation of five anti-microbial proteins. Depending on the size of each protein, we found the appropriate size of the encapsulating CNT. During each process we investigated the evolution of several parameters such as center-of-mass distance, Van der Walles interaction energy, and gyration radius of the protein. Using steering molecular dynamics simulation, we also calculated the free energy of one process which confirmed the spontaneous encapsulation. Keyword: Encapsulation, Protein, Carbon Nanotube, Molecular Dynamics Simulation, vn der Waals energy, Radius of Gyration, Free energy.
