عنوان پایان‌نامه
تعیین ژنوتیپ جدایه های ویروس برونشیت عفونی پرندگان جدا شده از طیور گوشتی جنوب عراق در پاییز و زمستان ۱۳۹۳
- رشته تحصیلی
- ویروس شناسی
- مقطع تحصیلی
- دکتری تخصصی PhD
- محل دفاع
- کتابخانه دانشکده دامپزشکی شماره ثبت: 693 ت;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 78622;کتابخانه دانشکده دامپزشکی - مخزن مرد آباد شماره ثبت: 693 ت;کتابخانه دانشکده دامپزشکی شماره ثبت: 693 ت;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 78622;کتابخانه
- تاریخ دفاع
- ۰۶ بهمن ۱۳۹۵
- دانشجو
- ولید مجید صکر المیاحی
- استاد راهنما
- وحید کریمی, آرش قلیان چی لنگرودی
- چکیده
- مقدمه: وروناویروس ها با توزیعی جهانی، بسیار مسری بوده و کنترلی سخت دارند زیرا تنوع ژنتیکی آنها گسترده، زمان تکثیر آنها کوتاه و میزان جهش آنها بالا است. کروناویروس ها باعث بروز بیماری های تنفسی، روده ای و در برخی موارد کبدی و عصبی در انواعی از حیوانات و نیز انسان ها می شوند. ویروس برونشیت عفونی، کروناویروس شاخص، تاثیر بارز اقتصادی بروی صنعفت طیور داشته و هرساله میلیون ها دلار در سطح جهان به دلیل حذف مرغان آلوده به این ویروس به این صنعت خسارت وارد می شود. ویروس های زنده واکسن برونشیت عفونی معمولا برای کنترل موارد شیوع و پیشگیری از ابتلا گله های طیور به این بیماری مورد استفاده قرار می گیرند. با اینحال، برخی از ویروس های واکسن در بروز موارد شیوع دخالت دارند زیرا ویروس های جداشده از گله های درگیر به موارد شیوع تنفسی اغلب سروتیپ های مشابهی با سویه های واکسن دارند (کاوانا و Naqi 2003). موفقیت ویروس در محیط ناشی از توانایی منحصر به فرد این ویروس در تکامل است. تنوع آنتی ژنی بین سویه ها اجازه فرار ویروس از برنامه های گسترده واکسیناسیون را می دهد (رودریگو, 2011). رشد صنعت طیور به دلیل افزایش بروز و ظهور مجدد بیماری های ناشی از تکامل چندین عامل بیماریزای ویروسی و استفاده از واکسن های زنده به چالش کشیده شده است. تعیین سروتیپ و ژنوتیپ روش های رایج رده بندی سویه های ویروس برونشیت عفونتی محسوب می شوند. ویروس دارای 4 رده است که به 7 سروتیپ تقسیم بندی شده و مهم ترین سویه های آن عبارتند از ماساچوست، کانکتیکوت، آرکانزاس، Gray، Holte و فلوریدا در کنار سویه های متعدد دیگری که در دنیا توزیع شده اند. چندین روش مولکولی و معمولی برای تشخیص برونشیت عفونی در مرغ ها تشریح شده اند (Dhama و همکاران 2014). گلیکوپروتئین S از دو تحت واحد S1 و S2 تشکیل شده و حاوی انواعی از فاکتورهای تعیین کننده آنتی ژنی هستند که می توانند بعث القای تولید آنتی های خنثی کننده اختصاصی شوند. جهش های این ناحیه ژنومی باعث بروز واریانت های ویروسی جدید می شود. در سالیان اخیر، تعیین ژنوتیپ با استفاده از توالی یابی ژن S1 که تبدیل به فرآیند انتخابی تمایز بین ویروس های فیلدی و واکسنی شده است، انجام می شود (سگر و همکاران 2016). از شناسایی اولیه این ویروس در سال 1936، بیش از 50 سروتیپ یا واریانت ویروس در سرتاسر جهان گزارش شده اند. بدین ترتیب، تعیین انواع و نیز جداسازی ویروس برای انتخاب یک واکسن مناسب بر علیه عفونت IBV گله بعدی ضروری است. ضمنا، تعیین تیپ سویه های IBV برای فهم همه گیرشناسی و تکامل IBVها ضروری است. با اینحال، رده بندی مشخص جدایه ها به دلیل تکرر بالای جهش های ژنوم RNA، بازتیکبی و واکنش متقاطع چندگانه در میان IBVها بسیار سخت است. تعیین ژنوتیپ، که با سروتیپ نیز ارتباط دارد، به دلیل سرعت بسیار بالا و سهولت در مقایسه با تست خنثی سازی ویروس (VN) یا دیگر روش های سنتی تعیین سروتیپ به کرات مورد استفاده قرار می گیرد. اهداف مطالعه 1-بررسی وجود IBV و سویه های در گورش در بخش های مرکزی و جنوبی عراق 2-فهم بهتر افزایش ناگهانی موارد شیوع IBV در گله های گوشتی تجاری در سال های 2014 و 2015 عراق 3-مقایسه میزان شباهت شناسایی سویه ها با کشورهای مجاور همچون ایران، اردن و ترکیه و سویه های مرجع 4-مقایسه میزان تناسب سویه های مطالعه شده با سویه های واکسن مورداستفاده در عراق 5-نظارت بر تکامل فیلوژنی و اپیدمیولوژیکی تحت تیپ های IBV با توالی یابی نوکلئوتیدها 6-تشخص ژنوتیپ¬های ماساچوست، 793/B و D274 و فهم میزان شیوع چنین سویه¬ هایی در جنوب عراق. نتیجه گیری: بر طبق این مطالعه میزان درگیری با ویروس برونشیت عفونی در مرکز و جنوب عراق، 66% می باشد همچنین تحقیق حاضر اولین گزارش از حضور سویه IBV DY12-2- like در خاورمیانه می باشد. این مطالعه تلاش کرد است که اطلاعات موجود در مورد ژنوتیپ ویروس برونشیت عفونی در عراق را بروز کرده و این آنها را تکمیل کند. بررسی های فیلوژنیک مشخص کرد که سویه های بدست آمده، مشابه دیگر سویه هایی است که جوجه های گوشتی، پولت ها و مرغان تخم گذار تجاری موجود در منطقه را آلوده می سازند. همچنین این مطالعه اولین گزارش از حضور سویه های متعلق به سروتیپ های ماساچوست (Massachusetts) و 793/B به کمک پرایمرهای اختصاصی nested PCR می باشد. پیشنهاد می شود: 1- سکانس کامل ژنومی انجام گیرد 2- مطالعات بروی ایمنی متقاطع برای دستیابی به بهترین برنامه واکسیناسیون در مزارع پرورش طیور عراق 3- بررسی های مولکولی در دیگر استان های عراق انجام گیرد 4- کنترل این بیماری نیاز به شناسایی مداوم سویه ها و ژنوتیپ های در گردش دارد 5- پاتوژنز جدایه های مختلف برونشیت عفونی عراق مورد بررسی قرار گیرد 6- با وجود تایید حضور ژنوتیپ ماساچوست و 793/B در عراق، سکانس این جدایه ها و به تبع آن منشا آنها نامشخص است. با بکارگیری روش هایی تشخیصی مانند روشهایی که در این مطالعه استفاده شدند می توان جزییات همه گیر شناسی این بیماری را مشخص نمود. با وجود استفاده از واکسن های H120 و 4/91 در عراق، مشکل برونشیت در جوجه های واکسینه شایع است.
- Abstract
- Objectives: Infectious bronchitis virus (IBV) is one of the most critical pathogens in the poultry industry, causing serious economic losses in all countries including Iraq. IBV has many genotypes that do not confer any cross-protection. Since early 2010, an increased number of IBV-associated cases in chicken flocks of various Iraqi provinces have been reported. The current study was designed to know which IBV genotypes were circulating in Iraqi broilers chicken farms. Materials & Methods: Tracheal and kidney tissue specimens were collected from 146 boiler chicken farms in middle and southern Iraq as following; trachea and kidney samples were taken from 100 farms in; Al-Kut, Al-Najaf, Thi-Qar, Al-Muthanna and Al-Basra , these samples were used for RNA extraction and after that subjected to real-time PCR , nested PCR and phylogenetic analyses of sequencing S1 gene. While tracheal tissue specimens pooled from 46 farms located in three provinces (Thi-Qar, Al-Muthanna and Al-Basra), and tested with rRT-PCR and type-specific nested PCR to detect 793/B, D274 and Massachusetts types. Results & Conclusion: Of 100 flocks, 32 were positive for IBV by real-time PCR.Thirty-two IBV-positive samples were selected to further characterize by nested PCR. Four genotypes were identified based on S1 gene sequence analyses and phylogenetic study (group I, variant 2 [IS/1494-like]; group II, 793/B-like; group III, QX-like; group IV, DY12-2-like). Sequence analysis revealed nucleotide sequence identities within groups I, II, and III of 99.68 %-100 %, 99.36 %-100 %, and 96.42 %- 100 %, respectively. Group I (variant 2) was the dominant IBV genotype. Likewise, Real-time PCR showed that 34 (74%) out of 46 sampled flocks were positive to IBV. Detection of 793/B, D274 and Massachusetts types with Nested PCR showed 50 % and 5.89% of positive samples belonged to genotypes 793/B and Massachusetts, respectively and the remaining positive (44.11%) were unknown. This is the first comprehensive study on the genotyping of IBV in Iraq with useful information regarding the molecular epidemiology of IBV , and it is first report of detection of IBV strains (793/B and Massachusetts) in the South of Iraq which achieved by specific primers nested PCR.
