عنوان پایان‌نامه
فیلوژنی گونههای آنامورفی مرتبط با جنس .Venturia Sacc و بررسی ساختار ژنتیکی جمعیتهای گونه غالب با استفاده از نشانگر مولکولی ریزماهواره
- مقطع تحصیلی
- دکتری تخصصی PhD
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 7392;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 81111;کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 7392;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 81111
- تاریخ دفاع
- ۲۵ تیر ۱۳۹۶
- دانشجو
- لیلا ابراهیمی
- استاد راهنما
- خلیل بردی فتوحی فر
- چکیده
- در طی سال های 1392 و 1393، 603 نمونه گیاهی آلوده به قارچ Venturia از 18 استان کشور شامل استان های آذربایجان شرقی، آذربایجان غربی، اردبیل، اصفهان، البرز، تهران، زنجان، خراسان شمالی، خراسان رضوی، قزوین، گلستان، گیلان، کردستان، کرمانشاه، لرستان، مازندران، مرکزی و همدان جمع آوری و بر اساس ویژگی های ریخت شناختی مورد بررسی قرار گرفتند. فیلوژنی مولکولی 18 جدایه با استفاده از توالی نواحی ITS و ژن های actin، ?-tubulin، gapdh و EF-1? مورد مطالعه قرار گرفت. بر اساس نتایج حاصل، نُه گونه شامل V. carpophila از شلیل، V. circinans از Geranium molle، V. eriobotryae از ازگیل ژاپنی، V. fraxini از زبان گنجشک، V. inaequalis از سیب، V. geranii از Erodium ciconium، V. oleaginea از زیتون، V. pyracanthae از پیراکانتا و V. pyrina از گلابی شناسایی شدند. از بین گونه ها، V. inaequalis به عنوان گونه غالب در ایران شناسایی شد. نمونه برداری گونه غالب از 18 استان کشور که دارای شرایط آب و هوایی مساعد بیمارگر می باشند انجام گرفت. ساختار ژنتیکی جمعیت این بیمارگر بر اساس 280 جدایه قارچی (پنج جمعیت) از مناطق مختلف ایران با استفاده از 28 نشانگر ریزماهواره مورد بررسی قرار گرفت. تنوع ژنی در جمعیت های مختلف 17/0 تا 19/0 محاسبه شد. شاخص شانن تنوع سطح متوسطی را در داخل جمعیت ها نشان داد. تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی نشان داد 93 درصد تنوع ژنتیکی بین افراد داخل جمعیت ها و هفت درصد بین جمعیت ها می باشد. بیشترین میزان Fst بین دو جمعیت شمال و غرب با کمترین میزان جریان ژنی مشاهده شد. بیشترین جریان ژنی بین دو جمعیت غرب و مرکز مشاهده شد. تنوع و ساختار ژنتیکی جمعیت های قارچ V. inaequalis روی ارقام مختلف سیب (سیب وحشی، بومی و تجاری) در استان های مازندران، گلستان و گیلان با استفاده از 18 نشانگر ریزماهواره مورد بررسی قرار گرفت. بر اساس تجزیه و تحلیل واریانس مولکولی، 97 درصد تنوع ژنتیکی در داخل جمعیت ها و سه درصد بین جمعیت ها پراکنده است. مقادیر به دست آمده برای شاخص های تنوع ژنی و تعداد آلل های موجود در هر جمعیت، نشان داد که تنوع درون جمعیت ارقام بومی نسبت به ارقام وحشی و تجاری بیشتر است. جمعیت حاصل از ارقام تجاری نیز نسبت به ارقام وحشی تنوع بیشتری را نشان دادند.
- Abstract
- Six hundred three scab infected samples were collected from various plants and 18 provinces of Iran including Alborz, Ardabil, Eastern Azerbaijan, Golestan, Guilan, Hamadan, Isfahan, Kermanshah, Kurdistan, Lorestan, Markazi, Mazandaran, North Khorasan, Qazvin, Razavi Khorasan, Tehran, Western Azerbaijan, Zanjan, during years 2013 and 2014 and surveyed based on morphological features. Eighteen specimens were selected for molecular study using nucleotide sequences of five genomic regions including ITS, actin, ?-tubulin, EF-1? and gapdh. Based on results, nine species V. carpophila on Prunus persica, V. circinans on Geranium molle, V. eriobotryae on Eriobotrya japonica, V. fraxini on Fraxinus sp., V. geranii on Erodium ciconium, V. inaequalis on apple, V. oleaginea on olive, V. pyracanthae on pyracanthae and V. pyrina on pear were identified. V. inaequalis was identified as dominant species in Iran. Dominant species sampling was conducted from 18 provinces of Iran with desirable climate for this pathogen. Population genetic structure of 280 isolates of this species (five populations) from different areas of Iran was studied using 28 SSR markers. Gene diversity was comparable among the populations, ranging from 0.17 to 0.19. Shannon-Wiener?s index an estimate of diversity indicated an overall average diversity of V. inaequalis within the populations. A hierarchical analysis of molecular variance revealed 93% variation among individuals within a population, a significant proportion of the variation (7%) was also attributable to differences among populations from different regions. The FST values were consistently highest among North and West populations with a minimum gene flow. The gene flow was highest between West and Central populations. Genetic differentiation between V. inaequalis isolates was investigated on different apple cultivars in the North of Iran using 18 SSR markers. AMOVA results showed that 97% of the genetic variation was distributed among the individuals within the populations and only 3% of the variation was attributable to differences among the populations. Based on gene diversity and allele number in every population, populations from Iranian endemic apple cultivars had more diversity in comparison with populations from wild apples and commercial cultivars. Genetic diversity in populations from commercial cultivarswas more than populations obtained from wild apple trees. Key words: diversity, host plant, Iran, morphology, molecular phylogeny
