عنوان پایان‌نامه
ردیابی رئوویروسهای ایجاد کننده
- رشته تحصیلی
- دامپزشکی
- مقطع تحصیلی
- دکتری تخصصی PhD
- محل دفاع
- کتابخانه دانشکده دامپزشکی شماره ثبت: 511 ت;کتابخانه دانشکده دامپزشکی - مخزن مرد آباد شماره ثبت: 511 ت;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 54720
- تاریخ دفاع
- ۱۸ مهر ۱۳۹۱
- دانشجو
- مهدی هدایتی
- چکیده
- رئو ویروس پرندگان از مهمترین عوامل بیماری های پرندگان بویژه آرتریت رئو ویروسی، تنوسینوویت، بیماری مزمن تنفسی، و سندرم سوء جذب می باشند. رخداد تنوسینوویت در مرغان مادر از سایر رده های طیور پرورشی بیشتر می باشد. هدف از این بررسی شناسایی رئوویروس های عامل تنوسینوویت در پرندگان از گله های مرغ مادر ایران به روش RT-PCR و RFLP و در ادامه تعیین توالی نمونه های مثبت و بررسی توسط نرم افزار های بیو انفورماتیک و رسم درخت فیلوژنیک بوده است. در این مطالعه از گله های مرغ مادر با سن بالای 45 هفته، با استفاده از سواپ استریل، 800 نمونه مدفوعی اخذ گردید و در محیط PBS به آزمایشگاه منتقل گردید و در نهایت بعد از مخلوط کردن نمونه ها از یک مزرعه، 120 نمونه جهت بررسی حضور رئو ویروس ها مورد استفاده قرار گرفت. در این مطالعه برای تشخیص رئو ویروس های عامل تنوسینوویت از پرایمرهای اختصاصی برای نواحی ژنومی S1با باند هدف pb 1023 و S4 با باند هدف bp 437 استفاده شد. در ادامه محصولات PCR با 5 آنزیم مورد هضم آنزیمی قرار گرفتند. همچنین نمونه های مثبت جهت بررسی و تعیین توالی و رسم درخت فیلوژنی مورد ارزیابی قرار گرفتند. بعد از انجام آزمایش PCR، 5 نمونه با استفاده از پرایمرهای ناحیه ژنومی S1 و 6 نمونه با استفاده از پرایمرهای ناحیه ژنومی S4 مثبت شدند که موارد مثبت با 5 آنزیم هضم کننده (Bcn?, Dde?, Hae???, Hinc??, Taq?) مورد هضم آنزیمی قرار گرفتند. آنالیز قطعات حاصله از هضم آنزیمی محصولات PCR در تمامی نمونه های مثبت دلالت بر همسان بودن الگوی هضم آنزیمی نمونه ها با الگوی هضم سویه های S1133 و 750505 داشت. در بررسی توالی ها نیز مشخص شد که از نظر توالی نوکلئوتیدی و اسید آمینه ایی با سویه S1133 قرابت 100درصدی وجود دارد.
- Abstract
- Avian reoviruses (ARVs) are important causes of disease conditions in poultry, in particular, reovirus-induced arthritis, tenosynovitis, chronic respiratory disease, and mal-absorption syndrome. In this study, the presence of ARVs in Iranian breeder flocks was investigated by Reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) and restriction enzyme fragment length polymorphism (RFLP) and molecular characterization of the virus isolates. A total of 800 fecal swab samples were collected from breeder flocks aged higher than 45 weeks old, sent to laboratory in containers with PBS, and pooled to obtain 120 samples. Total RNA extracted from pooled fecal samples were used to amplify the selected parts of S1 (1023 bp) and S4 (437 bp) genes from ARV field isolates using RT-PCR. The RT-PCR amplified products of positive samples were further analyzed by RFLP using five restriction enzymes of Bcn?, Dde?, Hae???, Hinc??, and Taq?. Positive samples were further sequenced and analyzed by Bio Informatics softwares. In total, 5 and 6 samples were positive by S1 and S4 primers, respectively. The patterns observed after digestion of PCR products of positive samples found that the isolates of this study were similar to S1133 and 750505 strains. Sequence analysis of the S1 , S4 genes of ARVs revealed that positive samples were closely related with the most ARVs induced tenosynovitis with less than 2% nucleotide divergence, and the homology was highest with the strain S1133, with a 100% nucleotide and amino acid identity.
