عنوان پایان‌نامه

تعیین توالی کد کننده پروتئین اسپایک (S۱) در ژنوتیپ QX جدایه های ویروس برونشیت عفونی پرندگان جدا شده در ایران سال ۱۳۹۴



    دانشجو در تاریخ ۱۴ دی ۱۳۹۵ ، به راهنمایی ، پایان نامه با عنوان "تعیین توالی کد کننده پروتئین اسپایک (S۱) در ژنوتیپ QX جدایه های ویروس برونشیت عفونی پرندگان جدا شده در ایران سال ۱۳۹۴" را دفاع نموده است.


    رشته تحصیلی
    دامپزشکی
    مقطع تحصیلی
    دکتری عمومی
    محل دفاع
    کتابخانه دانشکده دامپزشکی شماره ثبت: 3670;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 78473;کتابخانه دانشکده دامپزشکی - مخزن مرد آباد شماره ثبت: 3670;کتابخانه دانشکده دامپزشکی شماره ثبت: 3670;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 78473;کتابخانه دا
    تاریخ دفاع
    ۱۴ دی ۱۳۹۵
    دانشجو
    همایون دوام
    استاد راهنما
    آرش قلیان چی لنگرودی
    چکیده
    لینک فایل چکیده
    برونشیت عفونی یک بیماری ویروسی حاد، با واگیری زیاد است که از نظر اقتصادی در صنعت طیور بسیار مهم می باشد. ویروس های واریانت در اثر جهش های پیوسته و نوترکیبی بوجود امده و باعث بیماری در گله های واکسینه در تمام سنین می شوند. علی رغم واکسیناسیون گسترده گله های طیور صنعتی کشور علیه بیماری برونشیت عفونی، خسارات ناشی از این بیماری( اعم از درگیری های تنفسی و تلفات در جوجه ها ، نفریت، درگیری دستگاه تناسلی و کاهش تولید در مرغان بالغ) همچنان به صورت گسترده قابل مشاهده می باشد. با توجه به شیوع بالای ژنوتیپ QX در کشور و با در نظر گرفتن این نکته که تا به حال توالی نوکلئوتیدی این ژن در سویه های در حال چرخش در کشور شناسایی نگردیده است، تعیین توالی کامل ژن اسپایک ویروس در این ژنوتیپ ، ضروری به نظر می رسد. مطالعه ساختاری سویه های رایج در کشور جهت طراحی واکسن های موثر ضروری می باشد. در این مطالعه برای فهم بهتر اپیدمیولوژی مولکولی برونشیت در ایران ، ژن کدکننده پروتئین اسپایک (s1) فرم QX برونشیت ایران توالی یابی گردید . طی این مطالعه RNA ویروس با استفاده از کیت مخصوص استخراج شد و در مرحله ی بعد cDNAساخته شد ، سپس از cDNA برای انجام واکنش PCR برای شناسایی IBV استفاده شد . ژن s1 با استفاده از روش RT-PCR تکثیر شد و درخت فیلوژنی با استفاده از نرم افزار MEGA 5.1 ساخته شد و توالی یابی نوکلئوتید ژن S1 با توالی های متعدد ژن S1 از بانک ژنی مقایسه شد و در نهایت برونشیت Qx ایران در LX4 (خوشه2) توالی یابی شد . بین این جدایه ها شباهت نوکلوتیدها 100-99.52% بود . به این ترتیب به نظر میرسد همه ی این جدایه های برونشیت شبیه هستند و دارای منشا مشترک میباشند . نقاط فوق متغیر (HVRs) در ژنS1 تعیین شدند . نتایج حاصل از این تحقیق و سایر تحقیقات منتشر شده در بانک ژنی نشان داد که جدایه هایی از ویروس که در ایران گردش دارند در سال های اخیر و بعد از اولین گزارش QX از ایران در سال 2011 بیشتر LX4 بوده اند (خوشه2). در نهایت این بافته ها اطلاعات مهمی از تکامل برونشیت در ایران در بر دارند .
    Abstract
    Infectious bronchitis is an acute viral disease with high rate of infection that is very important from an economic perspective in the poultry industry . the variant viruses have been created as a result of continuous mutations and genetic recombinations and cause disease among vaccinated flocks in all age groups . although expensive vaccination of the country`s poultry industry against infectious bronchitis , disease has been undertaken, the damage done by the disease (such as respiratory problems , death in flocks , nephritis , deacrease in adult chiken production , etc ) is still widespread . considering the high prevalence of the QX genotype in the country and also the fact that up till now the nucleotide sequence of this gene hasn`t been observed in rotational serotypes , determining the full length gene sequence of the virus spike genotype seems necessary . the structural study of common serotypes in the country is essential for creating effective vaccinations . In this study To better understand the molecular epidemiology of IBV in the Iran ,full length sequences of S1 gene of Iranian QX IBVs were determined . in this study RNA extracted using RNA purification kit and it was used in the RT-PCR reaction for construction of cDNA . Later this cDNA used for PCR reaction to identify IBV . The full lemntght od S1 gene was amplified trough RT-PCR and did phylogenetic analysis(MEGA 5.1) with some sequences of IBV . Iranian QX IBVs were located in LX4 (Cluster 2). The nucleotides homology were 99.52% -100% between these isolates. Phylogenetic analysis revealed that all the IBV isolates were very similar and probably had a common origin. The hyperactive variable regions of S1 were determined. The results from this study and other published results in the GenBank database showed that isolates circulating in Iran in recent years were mainly LX4 (Cluster 2) genotype, which is the predominant genotype circulated in Iran in recent years (After first report of QX IBV in Iran ,2011).CONCLUSIONS:This finding provides important information on IBV evolution in Iran.Keywords: Avian Infectious Bronchitis, QX, Iran, Phylogenetic analysis, Spike