عنوان پایان‌نامه
مطالعه شجره شناسی بر اساس ژن غشایی (M) ویروس برونشیت عفونی طیور جدا شده از جوجه های گوشتی سال ۱۳۹۳
- رشته تحصیلی
- دامپزشکی
- مقطع تحصیلی
- دکتری عمومی
- محل دفاع
- کتابخانه دانشکده دامپزشکی شماره ثبت: 3582;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 70060
- تاریخ دفاع
- ۲۸ شهریور ۱۳۹۴
- دانشجو
- الناز کمی
- استاد راهنما
- امید مددگار, آرش قلیان چی لنگرودی
- چکیده
- ویروس برونشیت عفونی پرندگان دارای گسترش جهانی می باشد. این ویروس پروتوتایپی از خانواده کروناویریده می باشد که تنوع آنتی ژنیکی زیادی داشته و سروتیپ ها نتیجه جهش در ژنوم بزرگ آن است. این ویروس در درجه اول یک پاتوژن تنفسی است، اما می تواند سلول های اپیتلیالی در کلیه، لوله رحمی و دستگاه گوارش را آلوده سازد. با این حال، هیچ کدام از این علایم اختصاصی نیستند و برای تشخیص عفونت در گله های مبتلا به ابزار تشخیصی نیاز است. امروزه روش های تشخیصی بر مبنای ژنوم ویروس کاربرد وسیعی یافته اند. آزمون RT-PCR بطور گسترده برای شناسایی ویروس برونشیت عفونی پرندگان از نمونه های بالینی مورد استفاده قرار می گیرد. از مزایای این روش این است که بسیاری از نمونه ها را می توان در یک دوره کوتاه از زمان مورد بررسی قرار داد و اینکه مقرون بصرفه است و همچنین سطح اسید نوکلئیک ویروسی را در نمونه نشان می دهد، ولی این آزمون برای تعیین نوع ویروس برونشیت عفونی پرندگان کافی نیست. شناسایی نوع این ویروس در نمونه باید توسط تجزیه و تحلیل امپلیکون های ژن S1 تعیین شود. در این مطالعه، تعدادی ویروس برونشیت عفونی پرندگان از نمونه های بالینی ( نای و کلیه، از گله های گوشتی مشکوک به برونشیت عفونی پرندگان ) جدا گردید. پس از تایید، ژنوتیپ جدایه ها برا اساس ژن S1 شناسایی شد. سپس RNA ویروس با استفاده از کیت سیناژن استخراج گردیده و واکنش رونوشت برداری معکوس ( RT-Reaction ) بر روی آن صورت گرفت. با استفاده از واکنش زنجیره ای پلیمراز ( PCR ) و با بکارگیری پرایمرهای IBMF4 و IBMR4 ژن M تکثیر گردید. پس از ارسال برای توالی یابی به تکاپوزیست و ویرایش آن، تعداد 690 نوکلئوتید که ناحیه کدکننده پروتئین M بود، بدست آمد. سپس در بانک جهانی Blast گردیده و بعد از تایید با نرم افزار MEGA5 درخت شجره شناسی آن رسم گردید. مشخص شد که سویه IBKG-1 در شاخه ژنوتیپ 793B و سه سویه IBKG-2 ، IBKG-4 و IBKG-5 در شاخه QX قرار دارد. نکته جالب این درخت این است که سویه Variant2 در کنار سویه ماساچوست مانند H120 و M41 قرار دارد. از دیگر موارد مشاهده شده در این مطالعه قرار گرفتن سویه های Variant2 ( IBKG-2 ) در کنار جدایه QX می باشد که سه احتمال وجود دارد. یک نوترکیبی بین سویه Variant2 و QX رخ داده باشد، یا ویروس جدا شده دارای جمعیت ناهمگون باشد و همچنین احتمال آلودگی در کار با سویه های دیگر وجود دارد. با توجه به بررسی سکانس ژن S جهت ژنوتایپینگ این جدایه ها احتمال مورد اول بیشتر مدنظر است. این تعیین هویت جهت کارهای آینده که با این جدایه ها انجام خواهد شد، ارزشمند است. همچنین میزان مشابهت برخی از جدایه های ویروس با سویه های مرجع بدست آمد. در هر صورت، انجام مطالعات تکمیلی برای تعیین خاستگاه این سویه ها ضرورری است.
- Abstract
- The avian infectious bronchitis virus (IBV), the prototype of the Coronaviridae family, has a worldwide distribution. Mutations which occurred in the large viral genome has led to extensive antigenic variation. IBV is primarily a respiratory pathogen, but also can affect the kidney, oviduct and gut epithelial cells. Infectious bronchitis virus does not cause any pathognomonic clinical sign, therefore diagnostic tools are needed to identify the IBV. Molecular diagnostic assays like reverse-transcriptase Polymerase Chain Reaction is used to detect IBV genome from clinical samples, which is a more cost effective and less time consuming. The technique is not able to determine the type of IB virus and virus type identification should be based on S1 gene amplicons analysis. In this study, some IBVs were isolated from tissue samples of trachea and kidney and viral genotype was determined based on S1 gene. Samples were collected from suspected broiler farms. Viral RNA was extracted using Cinnagen extraction Kit and reverse transcription was done. To amplify the “M” gene of IBV a PCR was run using IBMF4 and IBMR4 primers. PCR productes were sequenced and Multiple sequence alignments were carried out with Clustal W, and phylogenic tree was constructed with MEGA 5 software. Results indicated that the IBKG-1 isolate, belonged to 793B serotype, while isolates IBKG-2, IBKG-4 and IBKG-5 formed the same cluster with QX type. Surprisingly Variant-2 strain was closely related to Massachusetts strains of H120 and M41. Additionally Variant-2 ( IBKG-2) strain was also related to QX-type IBV strain. It may be due to recombination events between QX and Variant-2 strains, or heterogeneous populations of virus were isolated, Or it was due to multiple- strain infections. According to S1 gene sequence analysis, recombination occurrence is more probable. To characterize the origin of these strains further studies are suggested. In any case, complementary studies are necessary to determine the origin of the strains.
