عنوان پایان‌نامه
مطالعه پیوستگی در سطح ژنوم صفات مرتبط با تولید پشم در نژادهای زل و لری بختیاری
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - علوم دامی - اصلاح نژاد دام
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6319;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 68383
- تاریخ دفاع
- ۲۱ بهمن ۱۳۹۳
- دانشجو
- مهدیه راستی فر
- استاد راهنما
- اردشیر نجاتی جوارمی
- چکیده
- ایران یکی از مهمترین کشورهای دنیا در زمینه پرورش گوسفند است. علیرغم اینکه یکی از محصولات مهم پرورش گوسفند پشم است تقرییاً تمام پشم تولیدی گوسفندان ایرانی جزء پشم¬های ضخیم و با کیفیت پایین محسوب میشود. هدف از این پژوهش پویش ژنوم گوسفند جهت شناسایی جایگاههای مؤثر بر برخی صفات تأثیرگذار در کیفیت پشم بوده است. نمونه¬های خون از مجموع 94 حیوان از نژادهای گوسفند زل و لری¬بختیاری تهیه و پس از استخراج DNA، نمونه‌ها با استفاده از آرایه‌هایOvine 50kSNP Chip تعیین ژنوتیپ شدند. داده‌های حاصل جهت بررسی کیفی مورد داده‌کاوی قرار گرفتند که پس از انجام این مراحل، مجموع 48056 SNP مربوط به 90 حیوان وارد آنالیزهای نهایی شد. نمونه پشم این حیوانات نیز جمع¬آوری و شش صفت میانگین قطر الیاف، میزان تجعد، انحراف معیار میانگین قطر الیاف، ضریب تغییرات میانگین قطر الیاف، نسبت مدولا و نسبت الیاف ضخیم (الیافی که مساوی یا بیشتر از 30 میکرومتر هستند) با استفاده از فناوری OFDA اندازه¬گیری شدند. در آنالیزهای آماری اثر عوامل ثابت گله، سال تولد و جنس حیوان مورد بررسی قرار گرفت، و پس از شناسایی آثار معنی-دار بر روی هر یک از صفات، آزمون پیوستگی ژنومی در نرم افزار PLINK مورد ارزیابی و برای کنترل نرخ اشتباه از تصحیح FDR استفاده شد. نتایج این تحقیق نشان داد که اثر جنس و گله بر روی صفات میزان تجعد و انحراف معیار میانگین قطر الیاف، اثر گله بر روی صفت نسبت مدولا و اثر جنس بر روی صفات قطر الیاف و نسبت الیاف ضخیم معنی¬دار می¬باشد (05/0P<). با در نظر گرفتن این نتایج در آنالیزهای پیوستگی، در مجموع دو جایگاه نشانگری روی کروموزوم‌های 1 و 12 شناسایی شد که به طور معنی¬داری صفت نسبت مدولا که ضخامت پشم را تحت تأثیر قرار می¬دهند، سه جایگاه نشانگری روی کروموزوم‌های 1و 6 (دو جایگاه) با اثر معنی¬داری بر روی صفت نسبت الیاف ضخیم و دو جایگاه نشانگری روی کروموزوم‌های 6 و 8 برای صفت میزان تجعد شناسایی شد. بررسی ژن¬های شناسایی شده در این مناطق نیز نشان¬دهنده وجود ژن¬های مهم تأثیرگذار بر کیفیت پشم همچون CAP در این مناطق است. در مجموع با توجه به اهمیت تولید پشم و الیاف در صادرات غیرنفتی کشور، نتایج این پژوهش می¬تواند نقش مهمی در شناسایی جهش¬های سببی مؤثر بر کیفیت پشم در نژادهای ایرانی داشته باشد.
- Abstract
- Iran is one of the most important countries in sheep production while almost all sheep breeds in Iran are classified as coarse and low quality wool. The aim of the present study was to scan whole genome of sheep for identifying the loci associated with wool quality traits. Blood samples were collected from 94 animals including Iranian Zel and Lori-Bakhtiari breeds. DNA was extracted and genotyping of samples were performed using Ovine 50k SNP Chip arrays. Quality control filters were applied for initial genotyping data and finally, 48056 SNPs belonging to 90 animals were used in final analysis. The wool samples of these animals were collected and were analyzed for mean fiber diameter, curvature, standard deviation of mean fiber diameter, coefficient of variation of mean fiber diameter, proportion of medulation and the proportion of fiber that are equal or more than 30 µm traits using OFDA technology. The fixed effects of herd, birth date and sex were examined and then the genome wide association study was performed using PLINK software and FDR correction was used to adjust the error rate. The results of this study revealed that the sex and herd had significant effect on the standard deviation of mean fiber diameter and curvature, the sex of animals had significant effect on the third and fiber diameter while only the herd effect was significant on proportion of modulation trait (P<0.05). Considering these significant effects in the genomic association analysis, two SNPs on chromosomes 1 and 12 were identified that significantly affect the proportion of medulation trait, which is closely related with coarse wool, three SNPs on chromosomes 1 and 6 (two loci) that significantly affect the trait of proportion of fiber that are equal or more than 30 µm and revealed two SNPs on chromosomes 6 and 8 that significantly affect the curvature. Genes identified in this study also showed the presence of major genes affecting the quality of wool as CAP in this regions. In general, considering the importance of wool production on Iranian non-petroleum GDP, the results of the present study can play an important role in identifying causal mutations affecting the quality of the wool in Iranian sheep breeds.
