عنوان پایان‌نامه
« تعیین ترادف نوکلئوتیدی انتهای ۳ژنوم چند جدایه BCMV از استان های همدان ، کردستان و تهران و مقایسه واکنش چند رقم لوبیا چیتی نسبت به این جدایه ها »
- دانشجو
- تانیا جوهری
- استاد راهنما
- اکبر دیزجی
- رشته تحصیلی
- مهندسی کشاورزی - بیماری شناسی گیاهی
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه مرکزی پردیس کشاورزی و منابع طبیعی شماره ثبت: 6358;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 68283
- تاریخ دفاع
- ۲۸ شهریور ۱۳۹۱
- چکیده
- ویروس موزائیک معمولی لوبیا (Bean common mosaic virus ,BCMV) یکی از خطرناک ترین و شایع ترین بیمارگرهای لوبیا در جهان شناخته شده است و از لحاظ کاهش کمی و کیفی محصول لوبیا بیماری مخربی محسوب می شود. دراین تحقیق، تعداد 2522 نمونه برگ لوبیا دارای علائم موزائیک، قاشقی شدن برگ و رگبرگ نواری از مزارع مختلف استان های تهران، البرز، همدان، کردستان، آذربایجان غربی، قزوین، زنجان، اصفهان، گیلان و خوزستان جمع آوری گردید. آلودگی 655 نمونه جمع آوری شده به BCMV با استفاده از روش سرولوژیکی DAS-ELISA تایید شد. پنج جدایه جغرافیایی ویروس موزائیک معمولی لوبیا انتخاب و با روش بیولوژیکی خالص سازی شدند. واکنش پنج ژنوتیپ لوبیا شامل: اختر، درخشان، Jules ، چیتی و قرمز به سه جدایه (S31، H60 و Q51) با مایه زنی 15 بوته از هر ژنوتیپ در قالب طرح کاملا تصادفی برروی پانزده گیاه (سه تکرار پنج عددی) ارزیابی شد. در بازه زمانی 21 روز پس از مایه زنی، درصد آلودگی و غلظت نسبی (OD405) هر ترکیب جدایه/ژنوتیپ با استفاده از روش الایزای کمی در محاسبه و با هم مقایسه گردیدند. جدایه S31 ژنوتیپ چیتی محلی کرج و ژنوتیپ Jules را به ترتیب با بیشترین و کمترین میزان غلظت ویروس آلوده کرد و جدایه های H60 و Q51 ژنوتیپ اختر را در بالاترین غلظت ویروس و ژنوتیپ Jules را در کمترین غلظت ویروس آلوده نمودند. تحلیل نتایج حاکی از این بود که درصد آلودگی و غلظت نسبی ویروس به طور معنی داری تحت تاثیر ژنوتیپ لوبیا بوده و جدایه ویروس موثر نیست. بطوریکه بیشترین و کمترین درصد آلودگی و غلظت نسبی ویروس به ترتیب در ژنوتیپ های چیتی کرج و Jules تعیین گردید. بر اساس این نتایج، ژنوتیپ Jules بعنوان رقم متحمل به BCMV و ژنوتیپ چیتی کرج حساس ترین ژنوتیپ به BCMV تعیین گردید. پس از مایه زنی مکانیکی ارقام افتراقی لوبیا (گروه های میزبانی مختلف) با پنج جدایه منتخب BCMV، پاتوتیپ جدایه های Q51، S31، H60، D7 و Z1 به ترتیب I،II ، IV، V و VII تعیین گردیدند. قطعه ای به طول 1100 جفت باز از انتهای’ 3 ژنوم (CP+ 3?-UTR) چهار جدایهBCMV (S31، H60، D7، Z1 و Q51) به روش IC-RT-PCR و با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی (که با نرم افزار Primer3 طراحی شده بود) تکثیر شد. مقایسه ترادف نوکلئوتیدی انتهای’ 3 ژنوم جدایه ها با هم نشان داد که H60 بیشترین واگرایی را با سایر جدایه ها دارا می باشد، در حالیکه دو جدایه Z1 و S31 بیشترین همگرایی را با هم داشتند که این امر می تواند ناشی از منشا جغرافیایی جدایه ها باشد. پس از همردیف سازی چندگانه ترادف نوکلئوتیدی انتهای ’3 ژنوم این جدایه ها با 15 جدایه دیگر (بانک ژن NCBI) و ترسیم درخت تبارزایی با نرم افزار DNAMAN ، نزدیک ترین جدایه های انتخاب شده از NCBI به جدایه های مورد مطالعه در همان پاتوتیپ هایی قرار داشتند که توسط ارقام افتراقی تعیین شده بود، لذا نتایج بیولوژی را تایید کرد.
- Abstract
- Bean common mosaiv virus (BCMV) is the most serious and widespread bean pathogen in the world, and is one of the devastation diseases causing both qualitative and quantitative losses in bean. During this research, 2522 bean leaf samples with mosaic, leaf rolling and vein banding symptoms were collected from various fields of Tehran, Hamedan, Alborz, Kordestan, Quazvin, Zanjan, West Azarbayejan, Gilan, Esfahan and Khuzestan provinces. BCMV infection of 655 samples were confirmed by DAS-ELISA. Five geographical BCMV isolates were selected and purified biologically. The response of five bean genotypes including karaj Chiti, karaj Red ,Akhtar, Derakhshan, Jules were evaluated against three isolates of BCMV (S31, H60, Q51) , in a completely randomized design with 15 replications. Infection rate and relative virus concentration (OD405) were analysed by quantitative DAS-ELISA at 21 days post inoculation. Analayses of the results showed that infection rate and relative viral concentration was significantly affected only by bean genotype. Based on the results maximum and minimum of infection rate and relative concentration of BCMV determined in Karaj chiti and Jules genotypes, respectively. Mechanical inoculation of differential bean cultivars (belonging to different host groups with BCMV isolates revealed that Q51, S31, H60, D7 and Z1 fall in pathotypes I, II, IV, V and VII, respectively. A fragment of 1100bp in length from genomic 3’end (cp and 3’-UTR) of four (S31, H60, D7 and Z1) BCMV isolateswas amplified by IC-RT-PCR, using two specific primer pairs (designed by Primer3 software). Comparison of nucleotid sequence of amplified fragments showed that most divergence of H60 isolate, while the most homology was observed between Z1 and S31, would be related to their geographical origin. Multiple alignment of 3’ end nt sequences of four BCMV isolates with other 15 isolates from NCBI by DNAMAN resulted in a phylogenetic tree which showed the most related isolates to our isolates were in the same pathotype which were biologically determined by differential cultivars.
