عنوان پایان‌نامه
بررسی رفتار دینامیکی جذب DNAبر روی سطح گرافن اکسید و عبور آن با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی
- رشته تحصیلی
- شیمی فیزیک
- مقطع تحصیلی
- کارشناسی ارشد
- محل دفاع
- کتابخانه پردیس علوم شماره ثبت: 6233;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 74253;کتابخانه پردیس علوم شماره ثبت: 6233;کتابخانه مرکزی -تالار اطلاع رسانی شماره ثبت: 74253
- تاریخ دفاع
- ۲۵ بهمن ۱۳۹۴
- دانشجو
- مهسا حقگو
- استاد راهنما
- معصومه فروتن
- چکیده
- با شناسایی ژنوم انسان می توان شناخت بهتری در مورد ارتباط وراثت و تکامل و بیماری بدست آورد. در این ارتباط دانستن توالی DNA نقش مهمی در توسعه علوم زیستی و پزشکی بازی می کند و امروزه توالی یابی با هزینه کم و سرعت زیاد اهمیت بسیاری یافته است. منظور از توالی یابی DNA، خواندن توالی و ترکیب باز های نوکلئوتیدهای تشکل دهنده یعنی آدنین، گوانین، سیتوزین و تیمین است. در کار حاضر برای تمایز بین نوکلئوتیدهای DNA، از گرافن تک لایه و گرافن دو لایه لبه دار استفاده شده است و رفتار دینامیکی DNA به هنگام کشیده شدن DNA بر روی سطوح گرافنی فوق با استفاده از شبیه سازی دینامیک مولکولی هدایت شده مورد بررسی قرار گرفته است. با استفاده از خروجی های شبیه سازی مقدار نیروی لازم برای کشیده شدن نوکلئوتیدها بر روی سطوح گرافن و ضریب اصطکاک آنها محاسبه گردید و مشاهده شد که بسته به نوع نوکلئوتید، مقادیر کمیت های فوق متفاوت است که این امر می تواند به عنوان روشی برای تمایز نوکلئوتیدهای مختلف لحاظ گردد.
- Abstract
- Sequencing the human genome allows us to better understand the relationships among diseases, inheritance, and individuality. Cheaper and faster sequencing can greatly enhance the development of basic biology and preclinical medicine. DNA Sequencing is the process of reading the sequence and composition of the nucleotide bases of a DNA molecule (Adenin, Guanin, Cytosine and Thymine). The purpose of this study is to investigate the dynamic behavior of single nucleotides when pulling on the single-layer of graphene and graphene edge by steered molecular dynamic simulation. We calculate the amount of pulling force of any nucleotides on single-layer of graphene and graphene edge. The nucleotides friction coefficient has also been obtained. The difference in friction coefficient can be a factor in identify single nucleotide
